Gaussian计算半胖氨酸与汞离子结合的结构优化加振动分析溶剂是NMP 一直报错

@12345678123456 · 发表于 Post on 2025-9-27 10:00:17

我想问一下 Gaussian计算半胖氨酸与汞离子结合的结构优化加振动分析溶剂是NMP 一直报错是我的输入文件有问题吗

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2025-9-27 11:08:25

贡至少要2配位，当前结构极不合理；氨基酸的质子应该从羧基跑到氨基才对

2429783189 · 发表于 Post on 2025-9-27 11:10:47

本帖最后由 2429783189 于 2025-9-27 11:12 编辑

输入文件存在多处问题，你使用了带赝势的混合基组，在关键词中的基组应该写genecp，此外S的基组在末尾混合基组里没写，输入文件的末尾没有空行。已帮你改好了。而且金属离子的配位数似乎不合理，通常金属离子与氨基酸的配位都是脱质子的羧基提供配体。

@12345678123456 · 发表于 Post on 2025-9-27 11:43:50

2429783189 发表于 2025-9-27 11:10
输入文件存在多处问题，你使用了带赝势的混合基组，在关键词中的基组应该写genecp，此外S的基组在末尾混合 ...

好的感谢

@12345678123456 · 发表于 Post on 2025-9-27 11:46:46

北大-陶豫发表于 2025-9-27 11:08
贡至少要2配位，当前结构极不合理；氨基酸的质子应该从羧基跑到氨基才对

好谢谢

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