使用MMFF94生成中性分子的总电荷为+1

archer · 发表于 Post on 2025-12-14 17:47:24

本帖最后由 archer 于 2025-12-15 11:54 编辑

使用sobtop来生成600原子聚合物的力场参数，体系为中性，采用MMFF94生成总电荷为+1，应该如何解决？

【补充】原子个数应该没问题，已上传mol2和pdb文件，采用mol2带1个正电，pdb不带电。
【补充2】Gview, 652-653是单键，被识别双键，修改mol2文件后，生成的净电荷为0，似乎解决问题。

NAGA40.mol2 (39.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

NAGA40.pdb (68.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

牧生 · 发表于 Post on 2025-12-14 18:18:19

如果体系电中性，那么不会是+1

既然得到了+1，说明体系不是电中性

你应该好好检查一下自己的分子结构式

sobereva · 发表于 Post on 2025-12-15 01:15:17

上传输入文件，并说明操作步骤

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-12-15 10:05:48

MMFF94会先根据拓扑关系识别需要加净电荷的官能团，然后再根据键电荷规则（BCI）调整原子电荷，所以一定是你的键连关系出现了问题，比如某些原子靠得太近或者太远，或者丢失了氢原子，或者多了氢原子原子。导致程序识别出了带净电荷的官能团。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Sobtop] 使用MMFF94生成中性分子的总电荷为+1