分子对接复现，怎么看复现结果好坏呢

wqm

大家好，我在 PDB 上找了一个冷冻电镜结构，用 AutoDock 复现这个分子与蛋白的对接情况，现在对接结果已经出来，我选择的对接位点跟电镜结构一致（稍大一点），接下来要怎么看这个对接结果跟这个冷冻电镜结构是否一致呢，是否复现成功？对接结果的 binding energy 在 -7 左右，对接结果的姿势也有一点改变。这是不是要计算 RMSD 呢，这个 RMSD  又该怎么计算呢？感谢各位！

wbqdssl

1）把对接之后的结构和原来的做个叠合，看看配体位置大概怎么样，一般来说只要不差太多就可以认为是在同一个位点。
2）如果想考察复现性，可以使用相同的参数重复对接，比较每一次最优结果的构象和位置。这个问题不是那么严重，你做个叠合构象图说一下重合较好一般就可以，不至于非要算RMSD。
3）如果是同系列配体，需要查找文献考察对比，也可以说明对接结果的合理性。如果是就只需要PDB结构里自带的配体，那直接选用原始结构即可，没必要自己再对接。
4）我记得PyMol可以算这种RMSD，你可以再查查资料。

wqm

wbqdssl 发表于 2025-12-16 11:53
1）把对接之后的结构和原来的做个叠合，看看配体位置大概怎么样，一般来说只要不差太多就可以认为是在同一 ...

感谢！

wqm

wbqdssl 发表于 2025-12-16 11:53
1）把对接之后的结构和原来的做个叠合，看看配体位置大概怎么样，一般来说只要不差太多就可以认为是在同一 ...

我再麻烦一下，我计算出RMSD是6.3，这是不是代表就没有复现成功

student0618

直接在可视化软件align 好看binding pose有什么分别

wqm

student0618 发表于 2025-12-16 15:11
直接在可视化软件align 好看binding pose有什么分别

对接位点我就选择的原冷冻电镜那个位点（可能稍大一些），对接出来配体姿势有较大的一个变化（有的整体转了90°-180°），RMSD在6-8，这是不是说明复现失败了

wbqdssl

wqm 发表于 2025-12-16 17:48
对接位点我就选择的原冷冻电镜那个位点（可能稍大一些），对接出来配体姿势有较大的一个变化（有的整体转 ...

如果有这么大的旋转，那是不可接受的。

wqm

wbqdssl 发表于 2025-12-16 18:17
如果有这么大的旋转，那是不可接受的。

好的 感谢