将后缀res文件载入VESTA程序后，显示了其他周期的原子

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-12-25 16:55:41

将后缀res文件载入VESTA程序后，显示了其他周期的原子，请问怎么删除多余的氢离子和OTF离子呢。
这个res文件是我在MS里的xsd文件直接保存为res文件的。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-12-25 17:03:26

“后缀res文件”可以上传一下么，是用什么软件从什么初始格式转换过来的，是否确认里面没有“其他周期的原子”？

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-12-25 19:33:06

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-25 17:03
“后缀res文件”可以上传一下么，是用什么软件从什么初始格式转换过来的，是否确认里面没有“其他周期的原 ...

谢谢！已经上传了，是从MS里xtd文件保存成res后缀文件的。原xtd文件是没有其他周期的原子的

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-12-25 20:21:24

林俊杰发表于 2025-12-25 19:33
谢谢！已经上传了，是从MS里xtd文件保存成res后缀文件的。原xtd文件是没有其他周期的原子的

这样啊，平时没怎么见过这类SHELXL文件，不过除了VESTA以外Jmol也可以打开，在Jmol里显示出来的结构就是202个原子，有的如O45所在的水分子就是在盒子之外的。

VESTA除了盒子内的原子外也会根据距离判断成键、进而增加一些显示原子以使得边界处的分子没有被截断。在Edit - Bonds的窗口中一个个点下面识别的键的种类，右上角Boundary mode都切换为Do not search atoms beyond the boundary，就能取消周期镜像的原子的显示了。

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-12-25 21:17:04

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-25 20:21
这样啊，平时没怎么见过这类SHELXL文件，不过除了VESTA以外Jmol也可以打开，在Jmol里显示出来的结构就是2 ...

谢谢您！！

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[建模与可视化] 将后缀res文件载入VESTA程序后，显示了其他周期的原子

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