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老师您好，冒昧打扰进一步咨询相关问题，内容可能比较具体繁杂，拜请拨冗赐教。
首先补充一下信息：
1. 本分子对接的其中一个配体是NADP辅酶，另一个配体是一个三十余原子数的有机物。
2. 按照您的建议，我查阅了相关文献，发现其对参与反应的氨基酸残基以及反应机理已经有比较完整的分析解释，我所做的酶的结构也与已知的酶的结构高度一致。现观察到一些文献直接将已经测得的含NADP的同类酶晶体结构中NADP坐标和构象直接移植与结构高度相似的酶分子中，再用酶和NADP的整体与底物做分子对接进一步得到构象或干脆自己测结构。
目前所做尝试：
为考察不同突变酶与NADP结合的自由能变化，参考以上查到的同类酶晶体结构中的NADP的构象，设置了能够包括作用残基的对接盒子先将酶和NADP用vina进行分子对接，筛选出与已知构象相近的几个对接构象，发现虽然对接得到的构象与已知的相近，同时也能够与已知反应相关残基的相互作用，但NADP的吡啶环的构象与已知结构出现了一些差异，吡啶环的扭转可能使得其酰胺基占据了底物的结合位点导致后续尝试将 酶-NADP结合物 与底物对接的时候全然无法得到与恰当残基相互作用的对接构象。单独尝试限制吡啶环的扭转也无法得到良好的效果。遂在已知NADP结构的基础上设置其所有键不扭转，底物则不作限制，结果NADP和底物的对接结果非常完美地复现了已知的结构。
现问题如下：
1. 虽然出于要获得结合自由能的目的，但不知道用vina将NADP与酶对接是否科学准确？
2. 本研究酶的野生型及突变型虽不涉及对参与反应的残基的突变，但仍担心NADP与酶的结合构象会因为序列上的细微不同、所设计的突变产生改变。出于此考虑，将NADP所有键设置为不扭转是否是科学理性？
3. 我查询的信息是否不够充分，还有什么方面的内容需要补充？
最后，如此唐突地提出个人研究上的问题，倍感惶恐。如蒙赐教，不胜感激。 |
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发表于 Post on 2026-1-14 16:59:07
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楼主 Author