计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 94|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] CP2K做QM/MM计算,读取PSF和PDB文件后报错,提示和拓扑相关的CPASSERT failed

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

51

eV
积分
53

Level 2 能力者

各位老师,我在用CP2K做离子穿越MOF孔道的QMMM计算,体系见附件中的图片。我将system.pdb作为坐标文件,将system.psf作为拓扑文件。程序刚运行就出现了如下报错:

    ERROR| Mismatching found between the total number  of atoms
    ERROR| and the number of atoms computed multiplying the Nr.
    ERROR| of molecules by the  number of atoms  building  that
    ERROR| kind of molecule.
    ERROR| This happens when the connectivity is wrongly  built
    ERROR| One example could be two same kind of molecules have
    ERROR| a different number of atoms. Check the connectivity!

*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/                             CPASSERT failed                          *
*    |                                                                        *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                        topology_connectivity_util.F:465 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            6 topology_connectivity_pack_10
            5 topology_connectivity_pack
            4 topology_control
            3 fist_init
            2 qmmm_env_create
            1 CP2K

针对这个提示我也检查了我的拓扑文件,但看不出哪里出了问题。
还请各位老师赐教,谢谢。

体系图片.png (617.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

体系图片。加粗的是QM部分,周围的是MM部分

体系图片。加粗的是QM部分,周围的是MM部分

Pre_Li_Dynamic.inp

11.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

CP2K输入文件

Pre_Li_Dynamic.out

8.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

CP2K输出文件

system.pdb

179.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

结构文件

system.psf

253.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

拓扑文件

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 20:24 , Processed in 0.199204 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list