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[粗粒化/DPD] 求助:粗粒化模拟时怎么固定住与蛋白质配位的金属离子

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我在通过粗粒化模拟一个膜蛋白,这个蛋白存在钙离子结合位点,但是我对钙离子施加了position restrain之后钙离子仍会脱离结合位点。



#ifdef POSRES_CA
[ position_restraints ]
; i funct   fcx    fcy    fcz
  1   1    1000   1000   1000
#endif



我想请教一下还有什么办法可以约束钙离子的位置,谢谢!



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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
用Colvars约束相关原子的距离即可

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发表于 Post on 前天 07:53 | 只看该作者 Only view this author
本来这就不是位置限制干的事
应当用[bonds]给蛋白质的与Ca2+显著静电相互作用的原子(如羧基氧)之间加上距离限制势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 13:22 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2026-2-19 11:23
用Colvars约束相关原子的距离即可

谢谢老师,我研究一下!

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 13:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-2-20 07:53
本来这就不是位置限制干的事
应当用给蛋白质的与Ca2+显著静电相互作用的原子(如羧基氧)之间加上距离限制 ...

我明白了,谢谢老师!

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