求助：有关膜蛋白体系弛豫过程中盒子大小的变换

kazuha · 发表于 Post on 3 day ago

求助：各位老师，我的分子动力学膜蛋白体系通过charmm-gui建模，初始的弛豫过程中，热浴压浴用的都是Berendsen，现在想要换成更稳定更精确的热浴压浴方法，在Berendsen平衡之后的体系继续进行弛豫，我先是nvt换成了Nose-Hoover，然后npt分了两步，第一步是Nose-Hoover+Berendsen（因为体系一开始就是Berendsen，想让他再稳定一点），第二步是Nose-Hoover+Parrinello-Rahman，现在关键的问题是，平衡过程中，nvt还是正常的，npt也能跑，但是第一步npt就将我的盒子高度从13nm，变成了20nm，同时我统计了一下nvt之后和npt之后的水密度分布，npt之后盒子高度变高了，水密度在水区也不再是1000Kg/m3，后续md也出错了，想请教一下各位老师该如何解决这个问题

sobereva · 发表于 Post on 3 day ago

甭用过时的Nose-Hoover，热浴一律用v-rescale
压浴从始至终用c-rescale。或者一直用Berendsen。PR破事多

kazuha · 发表于 Post on 前天 10:43

本帖最后由 kazuha 于 2026-4-11 10:52 编辑

sobereva 发表于 2026-4-10 08:37
甭用过时的Nose-Hoover，热浴一律用v-rescale
压浴从始至终用c-rescale。或者一直用Berendsen。PR破事多

sob老师您好，我改了一下热浴和压浴试了一下，一直用的v-rescale和c-rescale，但是在第一步npt之后，盒子高度还是从13nm变成了20nm，膜两侧水的密度也还是不对

我的nvt和npt1的mdp文件设置如下：

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[综合交流] 求助：有关膜蛋白体系弛豫过程中盒子大小的变换

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