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[综合交流] 求助:带有非标准氨基酸残基的肽应该如何建模

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求助:我的肽有非标准氨基酸残基,应该如何建模用于MD

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模:基于sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-16 15:29
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模:基于sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1. ...

老师,请问如何先生成肽的三维初始结构啊,带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-16 16:09
老师,请问如何先生成肽的三维初始结构啊,带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

先用结构接近的标准氨基酸得到初始结构,这种工具很多
随后可以在pymol中修改为对应的非标准氨基酸

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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2026-4-16 17:12
先用结构接近的标准氨基酸得到初始结构,这种工具很多
随后可以在pymol中修改为对应的非标准氨基酸

谢谢老师

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
基于AMBER的非标准氨基酸建模工具
https://github.com/Hsuchein/AutoNACC

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-16 16:09
老师,请问如何先生成肽的三维初始结构啊,带非标准氨基酸残基只能自己手画吗

用gview自行把近似的标准残基手动修成非标准残基即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-17 13:01
用gview自行把近似的标准残基手动修成非标准残基即可

谢谢老师,我还想请教一下,我要做肽-膜的MD体系,肽和膜您推荐用CHARRM36m和AMBER哪个力场啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2026-4-17 01:46
基于AMBER的非标准氨基酸建模工具
https://github.com/Hsuchein/AutoNACC

谢谢老师

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发表于 Post on 前天 10:07 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-17 17:08
谢谢老师,我还想请教一下,我要做肽-膜的MD体系,肽和膜您推荐用CHARRM36m和AMBER哪个力场啊

AMBER14SB或19SB描述肽,结合与AMBER力场兼容的Slipids、LIPID等磷脂力场
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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 13:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-18 10:07
AMBER14SB或19SB描述肽,结合与AMBER力场兼容的Slipids、LIPID等磷脂力场

谢谢老师,一般模拟微生物膜用氯化钠还是氯化钾来平衡电荷啊,用CHARRM-GUI还需要开启氢质量平衡吗?

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发表于 Post on yesterday 06:33 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-4-18 13:17
谢谢老师,一般模拟微生物膜用氯化钠还是氯化钾来平衡电荷啊,用CHARRM-GUI还需要开启氢质量平衡吗?

氯化钠
不存在CHARRM-GUI。如果是指CHARMM-GUI,我非常讨厌那东西,且无法使用、拒绝使用,因此不做评论
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