在进行分子动力学模拟前，需要对配体进行优化吗

wqm

各位老师大家好，

请教一个分子动力学前配体处理的问题：

做分子动力学 + MMPBSA时，配体是否需要用Gaussian做几何优化？

我的配体大约有120个原子，在pubchem上暂未找到结构

是不是得用优化后的结构来与蛋白进行分子对接，得到complex结构后再跑分子动力学呢？

谢谢！

wbqdssl

1）做对接一般不需要对配体进行几何优化，因为对接时配体的构象经常是柔性的（以更好匹配结合口袋），优化了也白优化
2）需要得到complex结构才能跑动力学

wqm

wbqdssl 发表于 2026-4-22 16:03
1）做对接一般不需要对配体进行几何优化，因为对接时配体的构象经常是柔性的（以更好匹配结合口袋），优化 ...

好的 非常感谢！

sobereva

不一定非得先对接再跑动力学。也可以把配体随机放在溶剂相，看配体自发与蛋白质的结合、钻进口袋、最后呆住的过程。只不过风险是容易陷入自由能面局部极小点很久，并在有限的模拟时间内没能自发跑到自由能最低的结合状态去。

对接前并不需要非得对分子优化，但是对于最终动力学模拟蛋白质-配体复合物来说，一般还是免不了要优化配体的过程。例如以AMBER+GAFF的组合，跑配体的动力学普遍用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)原子电荷（见下文），配体需要先做几何优化。所以你先把配体优化了不会白浪费时间。
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）