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[CP2K] 求助,使用cp2k做CI-NEB计算卤代烯烃在MOFs孔道中的扩散能垒时总是出现奇怪的凸点

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本帖最后由 ASC_Xiaotian 于 2026-4-26 14:16 编辑

各位老师我现在在做一种小分子3-氯丙烯在MOFs材料SIFSIX-14-Cu-i孔道中扩散能垒的计算,目前计算总是出现奇怪的凸点,还恳请各位老师指导到底是哪里出现了问题。
大致参数设置:晶胞尺寸(13.1285 x 13.11944 x 16.09278),分子式:C83 H69 N32 F24 Si4 Cl Cu4, GAMMA only,OT,PBE-D3(BJ),DZVP-MOLOPT-SR-GTH,UKS, 对Cu的d进行DFT+U,U(eff)=2.5 eV,磁化初猜为1.0,MULTIPLICITY为5,由于存在F所以CUTOFF和 REL_CUTOFF分别600和65,开始和结束结构在计算前均经过优化,插点总16(由sobNEB生成)每点8线程,ALIGN_FRAMES 和ROTATE_FRAMES均为F,其他的基本为默认设置。
计算环境:曙光超算平台 单节点X86 64C 2.5GHz 256GB,计算采用两节点128核进行计算。
首先第一次采用上述设置进行了近300步的计算,得到的能垒图如图1所示,在能垒图的11点位置存在一个奇怪的凸点。考虑可能是因为计算存在bug,所以从第一次计算得到的restart文件中删除了该点,用CP2k自动对该点补全,其他设置与第一次一致,进行了约70步计算结果如图2.1所示,11点已经不存在该凸点,但是在6点位置又出现了另一个凸点,且两次计算除了两个凸点外其他的点趋势基本一致(图2.2)。经过这两次计算大致可以判断出能垒曲线存在两个过渡态,同时为了避免凸点的影响,所以又分别选择了第一次计算的1-9点和第二次计算的9-16点无凸点的结构进行了CINEB计算,有意思的是,结果又出现了凸点。此外,相似的凸点现象也出现在了另一种相似分子(1-氯丙烷)在SIFSIX-14-Cu-i的计算中。我也根据AI的建议增大SCF以及IT-NEB步数进行了尝试,结果还是存在凸点。到底是什么原因导致的该问题,我也将三次的计算输入文件放在附件里了,还请各位老师提提建议,谢谢大家了。




图1 第一次CI-NEB计算

图2 第二次CI-NEB计算


图3 第三次分步CI-NEB计算

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第一次计算结构文件

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第一次计算结构文件

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第一次计算结构文件

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第一次计算结构文件

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第一次计算结构文件

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第一次计算结构文件

conf1.xyz

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第一次计算结构文件

conf2.xyz

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第一次计算结构文件

NEB_C3H5_1.inp

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第一次计算输入文件

TS_guess.xyz

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第一次计算结构文件

NEB_1.out

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第一次计算结果文件

NEB_C3H5_1-1.restart

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第二次计算输入文件

NEB_C3H5_2_2.restart

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第三次计算输入文件

NEB_C3H5_2-1.restart

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第三次计算输入文件

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发表于 Post on 7 hour ago | 只看该作者 Only view this author
我没时间具体看相关文件。如果NEB跑很多步后还能看出中间有极小点,说明不是基元反应,就分段继续跑,反复如此,直到路径上只有一个极大点、对应基元反应。如果极大点位置看起来太尖,就增大CI-NEB点数再跑试图把路径描绘得更精细。整个过程始终结合几何结构判断情况,不能光靠能量曲线猜。
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 hour ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-26 15:04
我没时间具体看相关文件。如果NEB跑很多步后还能看出中间有极小点,说明不是基元反应,就分段继续跑,反复 ...

好的,我试试谢谢社长。

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