|
|
本帖最后由 ASC_Xiaotian 于 2026-4-26 14:16 编辑
各位老师我现在在做一种小分子3-氯丙烯在MOFs材料SIFSIX-14-Cu-i孔道中扩散能垒的计算,目前计算总是出现奇怪的凸点,还恳请各位老师指导到底是哪里出现了问题。
大致参数设置:晶胞尺寸(13.1285 x 13.11944 x 16.09278),分子式:C83 H69 N32 F24 Si4 Cl Cu4, GAMMA only,OT,PBE-D3(BJ),DZVP-MOLOPT-SR-GTH,UKS, 对Cu的d进行DFT+U,U(eff)=2.5 eV,磁化初猜为1.0,MULTIPLICITY为5,由于存在F所以CUTOFF和 REL_CUTOFF分别600和65,开始和结束结构在计算前均经过优化,插点总16(由sobNEB生成)每点8线程,ALIGN_FRAMES 和ROTATE_FRAMES均为F,其他的基本为默认设置。
计算环境:曙光超算平台 单节点X86 64C 2.5GHz 256GB,计算采用两节点128核进行计算。
首先第一次采用上述设置进行了近300步的计算,得到的能垒图如图1所示,在能垒图的11点位置存在一个奇怪的凸点。考虑可能是因为计算存在bug,所以从第一次计算得到的restart文件中删除了该点,用CP2k自动对该点补全,其他设置与第一次一致,进行了约70步计算结果如图2.1所示,11点已经不存在该凸点,但是在6点位置又出现了另一个凸点,且两次计算除了两个凸点外其他的点趋势基本一致(图2.2)。经过这两次计算大致可以判断出能垒曲线存在两个过渡态,同时为了避免凸点的影响,所以又分别选择了第一次计算的1-9点和第二次计算的9-16点无凸点的结构进行了CINEB计算,有意思的是,结果又出现了凸点。此外,相似的凸点现象也出现在了另一种相似分子(1-氯丙烷)在SIFSIX-14-Cu-i的计算中。我也根据AI的建议增大SCF以及IT-NEB步数进行了尝试,结果还是存在凸点。到底是什么原因导致的该问题,我也将三次的计算输入文件放在附件里了,还请各位老师提提建议,谢谢大家了。
图1 第一次CI-NEB计算
图2 第二次CI-NEB计算
图3 第三次分步CI-NEB计算
|
-
-
2.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
3.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
4.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
5.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
6.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
7.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
9.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
10.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
11.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
12.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
13.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
14.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
15.xyz
11.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
conf1.xyz
11.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
conf2.xyz
11.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
NEB_C3H5_1.inp
20.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算输入文件
-
-
TS_guess.xyz
11.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结构文件
-
-
NEB_1.out
354.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第一次计算结果文件
-
-
NEB_C3H5_1-1.restart
566.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第二次计算输入文件
-
-
NEB_C3H5_2_2.restart
276.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第三次计算输入文件
-
-
NEB_C3H5_2-1.restart
349.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0
第三次计算输入文件
|