amber模拟之后，RMSF是分析全部时间段的好，还是平和后的时间段后？

Rick000000 · 发表于 Post on yesterday 15:37

各位老师好，amber模拟之后，RMSF是分析全时间段的好，还是平衡后的时间段？

之前我一直是计算全时间段的，部位文献也这么做，但是仔细思考，RMSF是用于评估体系在稳定状态下各原子（或残基）的固有热力学涨落（柔性）。如果将这部分“过渡期”或“非平衡态”的结构畸变计算进去，似乎会人为地放大 RMSF 值，导致结果失真。这种判断准确嘛？

18217265596 · 发表于 Post on yesterday 21:09

一般分析平衡后的

sobereva · 发表于 Post on yesterday 22:17

显然分析平衡后的
没平衡的轨迹根本没实际意义，并且结构往往在显著变化中，掺入进去只会严重放大RMSF

Rick000000 · 发表于 Post on yesterday 22:43

sobereva 发表于 2026-5-19 22:17
显然分析平衡后的
没平衡的轨迹根本没实际意义，并且结构往往在显著变化中，掺入进去只会严重放大RMSF

感谢社长答疑，我明白了

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