盒子分子周期性跳跃问题

downpuor · 发表于 Post on 3 day ago

本帖最后由 downpuor 于 2026-6-10 00:58 编辑

各位老师为了避免水相中的间苯二胺分子由于周期性镜像从盒子下层跳跃到盒子上层，我使用了gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o mdcenter10_20.gro -pbc mol -ur compact -center -b 10001 -e 20000，选择水相为中心，输出system，来查看模拟其中10ns的轨迹变化，但是发现总有几帧的内容会出现图1，2这样的情况，即又回到水相没有居中显示的情况，这是为什么呢，有什么方法可以改善吗？

sobereva · 发表于 Post on 前天 05:47

发帖时别用汉语拼音

认真看置顶的社员必读贴弄清楚怎么贴图，必须把图片上传后按顺序手动插入到帖子里

并且周期性体系截图时始终把盒子显示出来

当前完全没必要写-ur compact

“又回到水相没有居中显示的情况” 意义不明，本来就有一些二苯胺在水相，这和你用不用-center毫无关系

downpuor · 发表于 Post on 前天 22:29

本帖最后由 downpuor 于 2026-6-10 01:04 编辑

sobereva 发表于 2026-6-9 05:47
发帖时别用汉语拼音

认真看置顶的社员必读贴弄清楚怎么贴图，必须把图片上传后按顺序手动插入到帖子里

老师主要是我想考察体系分子的密度分布情况，比如间苯二胺分子(MPD)在两相的分布情况，其中盒子设置的是上层有机相oil，下层水相H2O。当前因为镜像作用少量有机相出现在底部，因此做出来的密度分布图(图4)显示左侧出现有机相，但是是随z轴高度增加上升的趋势而没有呈现平台状的密度分布，所以考虑到将水相居中，也就是图3这种效果。但是选取其中10ns的gro文件查看轨迹运动，会发现很多帧出现图1，图2这种情况也就是水相没有居中。并且根据将水相居中的10ns的xtc轨迹文件，绘制的图5的密度分布图，z方向4-7nm处的水相平台密度不是很均匀，也就是4nm处出现翘起，对比水相不居中时绘制的图4得到的2到5nm处的水相平台则是呈现平稳，两者区别较大。图5的情况是因为实际上所选取的轨迹文件会有的类似于图1，图2这样的情况而准确度不够吗？对于这种情况该怎么调整呢

sobereva · 发表于 Post on yesterday 09:30

downpuor 发表于 2026-6-9 22:29
老师主要是我想考察体系分子的密度分布情况，比如间苯二胺分子(MPD)在两相的分布情况，其中盒子设置的是 ...

对于这类问题，要么把水相或者油相放在盒子中央，上下两侧是另外一相，从而免得其中一相的位置轻微变化就跑到盒子另一头妨碍观看和分析，此时两相之间有两个界面；要么上下两侧各加真空区（最好再用wall挡着免得逸出经过盒子边界），两相之间有一个界面。

downpuor · 发表于 Post on yesterday 14:27

sobereva 发表于 2026-6-10 09:30
对于这类问题，要么把水相或者油相放在盒子中央，上下两侧是另外一相，从而免得其中一相的位置轻微变化就 ...

老师上下两侧各加真空区的话，npt系综下会不会自动调节盒子大小导致运行过程中真空区消失？

downpuor · 发表于 Post on yesterday 14:53

老师出现图1，图2这种现象可以调整吗？

sobereva · 发表于 Post on yesterday 17:20

downpuor 发表于 2026-6-10 14:27
老师上下两侧各加真空区的话，npt系综下会不会自动调节盒子大小导致运行过程中真空区消失？

Z方向可压缩系数设0就完了

downpuor · 发表于 Post on yesterday 22:31

sobereva 发表于 2026-6-10 17:20
Z方向可压缩系数设0就完了

好的谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 盒子分子周期性跳跃问题

浏览过的版块