盒子分子周期性跳跃问题

downpuor

各位老师为了避免水相中的间苯二胺分子由于周期性镜像从盒子下层跳跃到盒子上层，我使用了gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o mdcenter10_20.gro -pbc mol -ur compact -center -b 10001 -e 20000，选择水相为中心，输出system，来查看模拟其中10ns的轨迹变化，但是发现总有几帧的内容会出现图1，2，3这样的情况，即又回到水相没有居中显示的情况，这是为什么呢，有什么方法可以改善吗？