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[GROMACS] 聚合物溶液体系模拟求助:聚合物链逐渐舒展开来,在常温应当是预聚集较强的

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本帖最后由 lts! 于 2026-6-16 10:19 编辑

我模拟的体系主要包括了20条共聚物的聚合物链,20000个邻二甲苯分子,首先做了NPT退火处理,从300K到550K再到300K,重复三次,在退火结束后,聚合物链的结构较为紧凑,比较符合我的预期,但是继续300K平衡后,聚合物链逐渐舒展开来,这种聚合物在常温应当是预聚集较强的,请问是否可以通过调整力场参数进行调整,目前的力场参数用的是GAFF2预建参数,如果采用Hessian矩阵得到的键角参数是否会促进聚合物的聚集呢?

刚退火结束时的盒子形态

刚退火结束时聚合物的分布形态

基本平衡后加上溶剂分子后的总体分布

基本平衡后聚合物链的分布

聚合物分子结构








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发表于 Post on 2026-6-13 10:41:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dayu8278 于 2026-6-13 11:01 编辑

主要是看你的高分子结构,是否有氢键等作用导致其能够发生塌缩?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-14 15:02:33 | 只看该作者 Only view this author
dayu8278 发表于 2026-6-13 10:41
主要是看你的高分子结构,是否有氢键等作用导致其能够发生塌缩?

好的好的谢谢!

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发表于 Post on 2026-6-14 15:04:18 | 只看该作者 Only view this author
lts! 发表于 2026-6-14 15:02
好的好的谢谢!

我之前模拟一个高分子,很多环状和酰胺基,在水里直接塌缩成一个球

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发表于 Post on 2026-6-15 18:44:50 | 只看该作者 Only view this author
要明确说明原子电荷怎么来的,直接决定了聚合物自己与自己,以及与溶剂的相互作用。自己与自己相互作用越强越容易坍缩(如聚合物上面若有许多极性基团,就可以发生分子内静电吸引)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-16 10:21:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-15 18:44
要明确说明原子电荷怎么来的,直接决定了聚合物自己与自己,以及与溶剂的相互作用。自己与自己相互作用越强 ...

原子电荷通过RESP算三聚体的头部中部尾部(分别约束为0)得到,聚合物分子结构我给出来了,没有什么极性基团,主要靠分子间范德华力相互作用,聚合物在实验中反映出了温度依赖聚集效应(低温下强烈聚集)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-16 10:22:21 | 只看该作者 Only view this author
dayu8278 发表于 2026-6-14 15:04
我之前模拟一个高分子,很多环状和酰胺基,在水里直接塌缩成一个球

那我这个可能主要还是靠范德华力

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发表于 Post on 2026-7-6 16:29:03 | 只看该作者 Only view this author
建议学习一下高分子物理角度有哪些模拟参数可以用于评估你的体系的收敛标准。譬如Rg,Ree等。
以及哪些参数可以描述高分子在溶液中的构象问题(如Flory理论)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-6 19:20:46 | 只看该作者 Only view this author
yuzc 发表于 2026-7-6 16:29
建议学习一下高分子物理角度有哪些模拟参数可以用于评估你的体系的收敛标准。譬如Rg,Ree等。
以及哪些参 ...

好的好的谢谢!

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