求助关于高斯过渡态计算的一些问题

GLXL · 发表于 Post on 2026-7-30 22:39:13

我在一些第三方软件学习到的关于过渡态计算的问题很多是基础的或者好理解的的反应，基本是A+B-C这种，整体比较好理解，但是呢遇到的反应给人感觉就是造原子弹一样，因此特向各位同学，老师求助一些问题。
1、在这个反应路线图里是不是可以这样理解：右侧为：1a生成AA，然后经历光激发生成AB 最后与BB生成产物的这样一个多步反应，即1a——AA——AB——产物，其中AA AB 是中间体计算的应该是1a-AA的过渡态，然后计算AA-AB ;AB-产物的过渡态；同理左侧是R-X——BA——BB——产物；分别计算？（如果理解错误，还请各位老师多批评指正，非常感谢）
2、在Sob老师之前关于过渡态搜索的帖子里，讲了主要三种方法，我个人一知半解：对于这个反应上传到超算平台的话，我是不是应该使用GaussView 先建立1a的反应模型，然后去优化这个模型随后建立配体PdL的模型优化，最后两个模型一起去计算找过渡态1（即1a-AA的过程）；还是说应该建立总反应1a 和R-X这个模型在一个GaussView里推测反应的过渡态去做一个（学的比较迷茫了，看了很多视频，方法各异感觉自己有点呆）
再次感谢各位老师和吧主众多的资料分享

sobereva · 发表于 Post on 2026-7-30 23:09:57

看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字提示得极其明确。这次给你移动了，下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块，直接删帖+记违规+扣分处理。

GLXL · 发表于 Post on 2026-7-30 23:14:25

sobereva 发表于 2026-7-30 23:09
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1. ...

实在不好意思，我一开始确实没注意中途我edit了一下但是好像没改过去实在不好意思

sai77 · 发表于 Post on 2026-7-31 08:25:55

本帖最后由 sai77 于 2026-7-31 08:31 编辑

高斯算的是基元反应的过渡态，按照机理算每一步基元反应，如果算出来数据不合理还要再提出其它可能的过程，所以你得有相关的化学知识，知道每步反应是怎么发生的，加进去的试剂是什么作用。
就这个反应，你想把反应物直接丢进去让它给你找出过渡态来，完全不可能。
建议你先从简单的反应开始入门，这种过渡金属+自由基的复杂反应，新手几乎不可能搞定。

GLXL · 发表于 Post on 2026-7-31 09:35:53

sai77 发表于 2026-7-31 08:25
高斯算的是基元反应的过渡态，按照机理算每一步基元反应，如果算出来数据不合理还要再提出其它可能的过程， ...

是的老师确实是这样的感觉自己目前学习的都是很基础的计算在自己电脑可以跑完的对于老师给的这个反应我直接无从下手了

HamsterXiao · 发表于 Post on 2026-7-31 15:55:13

可以参考一下过渡金属有机化学的教材，介绍了常见的金属催化的化学反应分解为基元反应的方式

GLXL · 发表于 Post on 2026-8-2 19:48:49

HamsterXiao 发表于 2026-7-31 15:55
可以参考一下过渡金属有机化学的教材，介绍了常见的金属催化的化学反应分解为基元反应的方式

OK，感谢老师，确实需要一些理论基础知识最近学习了一些基础的关于高斯过渡态的一些反应，但是和老板给的这个反应完全不一致，这个给的路径我大概明白但是确实无从下手

江月待何人 · 发表于 Post on 2026-8-9 19:55:57

首先建议先学习麻生明老师编写的《金属有机化学》教材，详细了解一下金属有机化学的基元反应
这个不叫反应路线，叫反应机理图，反应路线是原料到最终产物的多部合成路线，这个最多叫反应路径；1a和0价Pd氧化加成，SET是光催化下的单电子转移，每一个基元反应都要找过渡态；
建议检索一些有机合成方法学的文献，看里边涉及计算的部分，有些会给过渡态详细坐标，照猫画虎学习一下

江月待何人 · 发表于 Post on 2026-8-9 19:58:57

江月待何人发表于 2026-8-9 19:55
首先建议先学习麻生明老师编写的《金属有机化学》教材，详细了解一下金属有机化学的基元反应
这个不叫反应 ...

过渡金属需要考虑赝势，反应路径最好在溶剂模型下计算
如不懂，看谈谈赝势基组的选用http://sobereva.com/327，谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算http://sobereva.com/373

GLXL · 发表于 Post on 4 day ago

江月待何人发表于 2026-8-9 19:58
过渡金属需要考虑赝势，反应路径最好在溶剂模型下计算
如不懂，看谈谈赝势基组的选用http://sobereva.co ...

好的老师非常感谢，已经下单

另外想咨询下，关于我这个反应，我这几天看了一些书我想问下是不是应该先建立1a和Pdl 两个共同优化？

江月待何人 · 发表于 Post on 5 hour ago

类似的反应路径计算

江月待何人 · 发表于 Post on 5 hour ago

GLXL 发表于 2026-8-13 10:21
好的老师非常感谢，已经下单另外想咨询下，关于我这个反应，我这几天看了一些书我想问下 ...

是的，注意初始结构位置，参考我单独发出来的详细过渡金属参与的反应路径，也可以找到对应的文献参考别人的输入坐标

GLXL · 发表于 Post on 3 hour ago

江月待何人发表于 2026-8-17 13:39
是的，注意初始结构位置，参考我单独发出来的详细过渡金属参与的反应路径，也可以找到对应的文献参考别人 ...

好的老师，非常感谢太有用了而且非常直观

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