Gaussian里的clean功能大家到底用不用

kyuu · 发表于 Post on 2017-7-7 09:17:46

建模后，Gaussian里的clean structure功能确实是挺实用的，但是用过clean之后直接做结构优化可能算出来的不是最优的结构，一般建议是拉一下某个键长，
其实我想问大家，1.用不用clean功能，2. 拉不拉键长，拉多少 3. 选择哪里的键比较合适
如果是螯合物的情况下，是改金属原子附近好还是其他部分不太重要的键？

steven · 发表于 Post on 2017-7-7 09:43:15

我也挺想知道这个问题.
有个师兄告诉我不用clean,建完之后先半经验优化一下,我也是一直这么做的

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-7 12:39:31

“拉某个键”并非什么常用、好的做法
如果是存在诸多可能的构象，应当去旋转可旋转的键再分别优化

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-7 12:41:43

steven 发表于 2017-7-7 09:43
我也挺想知道这个问题.
有个师兄告诉我不用clean,建完之后先半经验优化一下,我也是一直这么做的

clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪电按钮立马就用UFF优化。这比clean的那种优化效果往往好得多，尤其是clean经常给出很恶心的结果。

kyuu · 发表于 Post on 2017-7-7 14:43:30

sobereva 发表于 2017-7-7 12:39
“拉某个键”并非什么常用、好的做法
如果是存在诸多可能的构象，应当去旋转可旋转的键再分别优化

这.....其实.....是高斯官方培训的时候这么教的，教员名字我就不提了。
所以UFF优化后直接提交任务？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-7 18:39:12

kyuu 发表于 2017-7-7 14:43
这.....其实.....是高斯官方培训的时候这么教的，教员名字我就不提了。
所以UFF优化后直接提交任务？

UFF只是简单粗暴地预优化一下，很大体系一眨眼功夫也优化完了，比扫把工具结果更稳妥。
如果初始结构建得可能不太理想，特别是可能存在很多过近接触，DFT优化前建议先UFF预优化一下。

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-7-7 18:47:16

sobereva 发表于 2017-7-7 12:41
clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪 ...

话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-7 18:49:21

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

我感觉比UFF好很多

steven · 发表于 Post on 2017-7-7 20:08:15

sobereva 发表于 2017-7-7 12:41
clean主要是方便，实际上，明显更好的做法是在gview上建立一个UFF优化的快捷scheme，这样建好结构一按闪 ...

谢谢老师学到了!

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-7 22:08:48

冰释之川发表于 2017-7-7 18:47
话说，我这边结构都是Chem3D里用MM2或者MMFF预优化的，不知道与UFF比是不是差不多？

MM2、MMFF都是高精度有机分子力场，对有机体系绝对完爆UFF
UFF主要好处是普适性好

kyuu · 发表于 Post on 2017-7-8 08:17:32

本帖最后由 kyuu 于 2017-7-8 10:34 编辑

sobereva 发表于 2017-7-7 22:08
MM2、MMFF都是高精度有机分子力场，对有机体系绝对完爆UFF
UFF主要好处是普适性好

如果是1D PBC高聚物的场合，如何预优化和优化

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-8 13:39:11

kyuu 发表于 2017-7-8 08:17
如果是1D PBC高聚物的场合，如何预优化和优化

按照PBC计算，常规优化就行了
PBC计算的时候不支持力场和半经验，所以预优化就用小点的基组来做

zl20n · 发表于 Post on 2017-7-8 17:11:35

sobereva 发表于 2017-7-7 22:08
MM2、MMFF都是高精度有机分子力场，对有机体系绝对完爆UFF
UFF主要好处是普适性好

如果是对于过渡金属配合物（有机配体）来说那？MM2还是UFF?

kyuu · 发表于 Post on 2017-7-8 17:51:54

sobereva 发表于 2017-7-8 13:39
按照PBC计算，常规优化就行了
PBC计算的时候不支持力场和半经验，所以预优化就用小点的基组来做

我最近对高斯做1D PBC比较感兴趣，用聚乙烯在09上试了一下，l9999错误，
#p opt freq HSEh1pbe/6-31g*/auto IOp(3/74=-51) int=ultrafine
请问这个输入指令有问题吗
另外我想问一下，因为我学高斯（G16）的时候，老师说，如果做PBC，请用纯泛函，可能Scuseria在09介绍PBC的时候是推荐过HSEh1pbe的，但那不是杂化泛函吗。所以用纯泛函是出于经济，还是结果可靠性呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-8 17:56:08

zl20n 发表于 2017-7-8 17:11
如果是对于过渡金属配合物（有机配体）来说那？MM2还是UFF?

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