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[新手求助] dushin运行闪退产生一堆0kB文件

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本帖最后由 万卷书万里路 于 2017-9-3 19:14 编辑

我想用dushin分析重组能,一开始提供的输出文件都是在PBE1PBE/6-311G**计算的,准备好两个log文件和两个fchk文件后,写好dat文件,运行dushin得到一堆为0的文件,但是还是这同一个材料,我仿照着esob老师的例子里,用b3lyp/def2svp 就可以得到正常的输出文件,这是什么原因呢,对这些方法基组有要求吗?谢谢!

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发表于 Post on 2017-8-29 21:39:49 | 只看该作者 Only view this author
原理上跟泛函和基组无关,肯定是其它因素导致的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-8-29 22:03:55 | 只看该作者 Only view this author
在计算过程中可以把输出文件中的泛函和基组改成可执行成功的泛函和基组,虽然这里进行了修改但不会影响正常结果的输出,原因是dushin程序读取不了某些泛函

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-30 14:50:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-29 21:39
原理上跟泛函和基组无关,肯定是其它因素导致的

嗯,我再找找原因,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-30 14:52:11 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2017-8-29 22:03
在计算过程中可以把输出文件中的泛函和基组改成可执行成功的泛函和基组,虽然这里进行了修改但不会影响正常 ...

试了一下,修改了输出文件,果然就可以正常运行了,感谢感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-3 19:13:29 | 只看该作者 Only view this author

RE: 运行dushin产生一堆空白文件

三石草祭 发表于 2017-8-29 22:03
在计算过程中可以把输出文件中的泛函和基组改成可执行成功的泛函和基组,虽然这里进行了修改但不会影响正常 ...

老师你好!
我算的是电荷传输的重组能,是中性分子和带电过程的重组能。
我上次那两个文件修改了方法和基组后可以正常运行,但是剩下的同样过程计算所有的分子的就算改了方法基组还是不对,双击dushin.exe后,弹出的窗口立马关闭,又产生了一堆大小为0的文件。
之后,我又拿出错的其中一个材料,按照sob老师博文里用的方法基组 #P freq B3LYP/def2SVP 计算了freq,结果还是出错。对比了一些文件,也没找到决定出错的部分。
我把计算过程中的所有文件都贴上来了,还麻烦哪位老师能帮忙分析下是哪里的原因,谢谢啦!

产生的一堆文件里唯一大小不是0的dushin.out内容:
Curvilinear flag=           1
atom reoderd flag=           2
Reading file:
./0-f.log   

dushin-error-example.zip

9.14 MB, 下载次数 Times of downloads: 27

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发表于 Post on 2017-9-3 19:25:12 | 只看该作者 Only view this author
万卷书万里路 发表于 2017-9-3 19:13
老师你好!
我算的是电荷传输的重组能,是中性分子和带电过程的重组能。
我上次那两个文件修改了方法和 ...

算这个重组能非要用NM的方法吗?
用四点模型法不可以吗?
谢谢指点
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-4 09:52:15 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2017-9-3 19:25
算这个重组能非要用NM的方法吗?
用四点模型法不可以吗?
谢谢指点

可以算的。
我用四点模型法算过了,是看到文献里有对重组能分析的图,就想学下用dushin分析一下振动模式对重组能的贡献,我想找几个例子学一下然后看看它分析的结果能不能对上。

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发表于 Post on 2018-4-27 21:07:52 | 只看该作者 Only view this author
万卷书万里路 发表于 2017-9-4 09:52
可以算的。
我用四点模型法算过了,是看到文献里有对重组能分析的图,就想学下用dushin分析一下振动模式 ...

您好,请问您说的那个问题解决了吗?我也出现了类似的问题,我这个体系也需要看振动模式,如果您解决了,请告诉我一下呗,万分感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-22 17:45:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-8-29 21:39
原理上跟泛函和基组无关,肯定是其它因素导致的

老师您好!
我又在Windows下运行了Dushin, 分析pentacene的空穴重组能,但是总是报错,
尝试过的办法:
1. 用同样的方法和基组算其他的分子,就可以分析得到重组能相关并作图,应该说明方法和基组没问题,B3LYP/6-311G**
2. 参考其他帖子里提到的修改第一行内容,多次改变了dushin.dat 的第一行,都是一样地报错
3. 安装 Gaussian 09 A 重新计算#P opt freq B3LYP/6-311G**,然后dushin分析,也不行

4. linux下 Gaussian 09 D01 计算 #P opt freq B3LYP/6-311G**, 再Dushin分析,也不行,屏幕输出里提到多种error, 不太理解

我把屏幕输出传上来了,麻烦老师帮我看下问题在哪里,求指点下~
十分感谢!

dushin.out

634 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 15

fort.30

39.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

pen-1.fchk

5.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 5

pen-1.log

455.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

pen-3.log

760.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

screen_output.txt

71.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 26

屏幕输出内容

dushin.dat

66 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 17

pen-3.fchk.zip

4.17 MB, 下载次数 Times of downloads: 10

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发表于 Post on 2019-7-2 21:34:16 | 只看该作者 Only view this author
万卷书万里路 发表于 2018-8-22 17:45
老师您好!
我又在Windows下运行了Dushin, 分析pentacene的空穴重组能,但是总是报错,
尝试过的办法: ...

请问您解决了吗?我一直遇到这个问题解决不了

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发表于 Post on 2020-12-23 18:12:47 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您找到原因了吗?我也遇到有类似的问题,不过我的最后提示的是ERROR, freqs not same as from g94 mode     30  而不是94.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-4 17:09:33 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-12-23 18:12
您好,请问您找到原因了吗?我也遇到有类似的问题,不过我的最后提示的是ERROR, freqs not same as from g9 ...

也没有找到,后来用MOMAP里嵌的模块进行重组能分解了

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