Ubuntu安装ORCA并行运算

bomsaude · 发表于 Post on 2015-1-22 07:03:22

本帖最后由 bomsaude 于 2015-1-22 17:05 编辑

在卡开发发和Sob的热心指导下，在google和百度的帮助下，经过几个小时的折腾，在个人台式机上终于成功安装orca并行运算，对大家的帮助表示衷心感谢！

先安装了orca 3.0.3：/home/user/orca， openmpi-1.6.5安装路径: /home/user/openmpi-1.6.5
user为用户名

1 重新安装Ubuntu12.04 64位

2 把shell由dash改为bash
sudo dpkg-reconfigure dash，选择No
然后查看 ls -al /bin/sh

3 安装gcc, g++和gfortran（已有的话，可能不需要再安装）
sudo apt-get install XXX 注：XXX=gcc, g++或gfortran

4 把openmpi-1.6.5.tar.gz解压到/home/user下

5 终端进入openmpi-1.6.5文件夹
./configure CC=gcc FC=gfortran --prefix=/home/user/openmpi-1.6.5/
无错误后
make && make install

6 修改.bashrc文件，加入
export PATH=$PATH:/home/user/openmpi-1.6.5/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/user/openmpi-1.6.5/lib
并使之生效
到此安装成功

7 用了网上一个文件检验，orca用绝对路径
/home/user/orca/orca test1.inp > test1.out &
单核：5 minutes 47 seconds 189 msec
双核：3 minutes 29 seconds 672 msec

lao7 · 发表于 Post on 2015-1-22 07:28:14

不要忘了给user 770的权限，不然有时运行不下去

bomsaude · 发表于 Post on 2015-1-22 16:54:38

lao7 发表于 2015-1-22 07:28
不要忘了给user 770的权限，不然有时运行不下去

谢谢您的提醒！

wudazhuang509 · 发表于 Post on 2017-3-6 16:17:58

按照提示./configure时报错 fortran compiler is unable to produce working executables.怎么破？

bomsaude · 发表于 Post on 2017-3-6 17:26:31

wudazhuang509 发表于 2017-3-6 08:17
按照提示./configure时报错 fortran compiler is unable to produce working executables.怎么破？

如果gcc, g++, gfortran都安装了，不会有这个问题的，你再看看吧。很简单的安装。

wudazhuang509 · 发表于 Post on 2017-3-6 18:03:49

本帖最后由 wudazhuang509 于 2017-3-6 18:49 编辑

gcc, g++, gfortran这三个都是最新的版本，我在装intel fortran compiler不知到可行不了

wudazhuang509 · 发表于 Post on 2017-3-6 18:44:12

本帖最后由 wudazhuang509 于 2017-3-13 22:07 编辑

编译好像成功了，但是运行的时候orca输入文件里面有 PAL2的时候会报错：

请问怎么解决呢？

zhuzhuxia@zhuzhuxia-office:~/orca_3_0_2_linux_x86-64/naclrh_cluster$ ~/orca_3_0_2_linux_x86-64/orca naclrh1.inp > m.out
[zhuzhuxia-office:23462] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file ess_env_module.c at line 367
[zhuzhuxia-office:23461] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: Not found in file ess_env_module.c at line 367
[zhuzhuxia-office:23459] tcp_peer_recv_connect_ack: invalid header type: 1996816384
[zhuzhuxia-office:23459] tcp_peer_recv_connect_ack: invalid header type: 1996816384
ORCA finished by error termination in ORCA_GTOInt
zhuzhuxia@zhuzhuxia-office:~/orca_3_0_2_linux_x86-64/naclrh_cluster$

复制代码

尚艳磊 · 发表于 Post on 2017-12-26 10:56:57

前辈您好！
为什么我添加了环境变量还是显示的这样
/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while loading shared libraries: liborca_tools_4_0_1_2.so: cannot open shared object file: No such file or directory

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-26 17:38:25

尚艳磊发表于 2017-12-26 10:56
前辈您好！
为什么我添加了环境变量还是显示的这样
/home3/shangyl/ORCA/ORCA/orca/orca: error while lo ...

你用的是动态库版本，需要把LD_LIBRARY_PATH环境变量中添加ORCA的目录，这里说了http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6555

尚艳磊 · 发表于 Post on 2017-12-26 19:06:56

sobereva 发表于 2017-12-26 17:38
你用的是动态库版本，需要把LD_LIBRARY_PATH环境变量中添加ORCA的目录，这里说了http://bbs.keinsci.co ...

谢谢sob老师，我重新安装了静态的。
已经可以使用了。多谢~~

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