求Metadynamics教程

xxj9618 · 发表于 Post on 2017-9-13 19:54:57

谢谢大家啦

beyond · 发表于 Post on 2017-9-13 23:26:17

plumed的官网上面有很多相关的教程，很详细的！
不过最好之前先读读 plumed的manual

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-14 06:10:04

标题不要太口语化，给你改了

youyno · 发表于 Post on 2017-9-14 16:01:08

我最近也在学metadynamic，这是我最近看的两篇文献可以一起学习一下

youyno · 发表于 Post on 2017-9-14 16:16:01

beyond 发表于 2017-9-13 23:26
plumed的官网上面有很多相关的教程，很详细的！
不过最好之前先读读 plumed的manual

请问我用CP2K去做涉及成断键的metadynamics有没有程序可以导向性的让我去寻找Collective variable呢？

beyond · 发表于 Post on 2017-9-14 17:51:57

youyno 发表于 2017-9-14 16:16
请问我用CP2K去做涉及成断键的metadynamics有没有程序可以导向性的让我去寻找Collective variable呢？

在metadynamics中，CV都是得预先设定好的，与你想要的计算有关，如何选择好CV，则需要多做一些测试。
我没有做过成键断键的metadynamics，不过读到过一些这样的文章，你可以搜搜，很多也都是用cp2k做的。

xxj9618 · 发表于 Post on 2017-10-9 15:48:02

youyno 发表于 2017-9-14 16:01
我最近也在学metadynamic，这是我最近看的两篇文献可以一起学习一下

谢谢啦

xxj9618 · 发表于 Post on 2017-10-9 15:48:30

sobereva 发表于 2017-9-14 06:10
标题不要太口语化，给你改了

谢谢sob老师

get-it · 发表于 Post on 2017-10-11 15:38:48

youyno 发表于 2017-9-14 16:16
请问我用CP2K去做涉及成断键的metadynamics有没有程序可以导向性的让我去寻找Collective variable呢？

请问编译cp2k和plumed时需要注意什么呢，我编译时会出现undefined reference to `__kmpc_global_thread_num'之类的错误

youyno · 发表于 Post on 2017-10-11 16:56:56

get-it 发表于 2017-10-11 15:38
请问编译cp2k和plumed时需要注意什么呢，我编译时会出现undefined reference to `__kmpc_global_thread_n ...

看样子是MPI没有配置好，编译前看一下INSTALL文件，看看自己的机器适合用哪个arch文件

get-it · 发表于 Post on 2017-10-11 17:11:48

youyno 发表于 2017-10-11 16:56
看样子是MPI没有配置好，编译前看一下INSTALL文件，看看自己的机器适合用哪个arch文件

集群上有MPI没有openmp，我用VERSION=popt可以编译cp2k，但加上plumed后会报错，似乎这个错误与openmp有关。
你的环境是什么样的，选的是什么arch文件呢？

youyno · 发表于 Post on 2017-10-11 18:43:15

get-it 发表于 2017-10-11 17:11
集群上有MPI没有openmp，我用VERSION=popt可以编译cp2k，但加上plumed后会报错，似乎这个错误与openmp有 ...

我也用的popt, mpi用的是intelmpi.我没有接plumed，CP2K本身自带的Metadynamics就可以用

get-it · 发表于 Post on 2017-10-12 15:35:17

youyno 发表于 2017-10-11 18:43
我也用的popt, mpi用的是intelmpi.我没有接plumed，CP2K本身自带的Metadynamics就可以用

多谢，我已经解决了

205lxc001 · 发表于 Post on 2017-10-17 12:07:23

get-it 发表于 2017-10-12 15:35
多谢，我已经解决了

请问一下是怎么解决的？

get-it · 发表于 Post on 2017-10-17 13:55:05

205lxc001 发表于 2017-10-17 12:07
请问一下是怎么解决的？

编译plumed时把openmp关掉

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