使用超算提交高斯任务

oucli

使用超算中心服务器提交高斯任务，vim中已将其改为20节点，超算中心提示任务只是在用一个节点计算，应当如何更改？是否需要在gjf文件中添加语句？请教大家，谢谢。

sky

还需要gjf文件里自行设置：
%nprocshared=20

oucli

添加这一行之后，显示的是我占用了20个节点，但是每个节点只提供了1个核供我使用，其他核都处于空闲状态，这个应该怎么解决呢？

kyuu

gjf里设置的是总的cpu核心数量，跨节点需要用linda通过静态tcp节点名称指定，不用linda的情况下，只能使用单节点并利用最大物理核心数，跟系统申请资源的时候，你需要以下的参数（具体参考你自己的使用手册） 节点数（node n，默认为1），总任务/线程数量（task n，总的cpu数目）以及单任务/线程所需cpu数量（cpus per task，一般设置为1），我个人的理解Gaussian提供的linda版本不太有能力操控超过7个节点，节点数量不能随意设
下边是个PBS的例子，照你自己的真实情况修改
#!/bin/bash
#PBS -l walltime=20:00:00
#PBS -l ncpus=4
#PBS -l mem=4GB
#PBS -l jobfs=100GB
#PBS -l software=g16
#PBS -l wd

module load gaussian/g16a03
g16 < inputdeck > outputfile 2>&1

%mem=(4-overhead for your method)Gb (see below) %NprocShared=4 %chk=checkpoint.chk # method/basis jobtype Maxdisk=100Gb