固定部分原子用amber跑动力学出错

15whyhq · 发表于 Post on 2017-9-26 11:05:14

本帖最后由 15whyhq 于 2017-9-26 11:11 编辑

最小化正常结束，但是跑md时出现如下错误提示，请问这是哪里出错了？怎么解决呢？谢谢！

agent99 · 发表于 Post on 2017-9-27 00:18:22

你的图片里最后一行就是错误信息啊，检查一下你的prmtop文件里的ATOMS_PER_MOLECULE

15whyhq · 发表于 Post on 2017-9-28 21:52:04

如图所示是 prmtop文件里的ATOMS_PER_MOLECULE，我的体系是256对离子液体，中心固定的是一分子离子液体，prmtop文件为什么是 513 513 514？这个可以直接改成512 512 513吗？谢谢！

agent99 · 发表于 Post on 2017-9-28 23:22:32

15whyhq 发表于 2017-9-28 07:52
如图所示是 prmtop文件里的ATOMS_PER_MOLECULE，我的体系是256对离子液体，中心固定的是一分子离子液体，[/ ...

这个不能乱改，最好重新检查一下生成prmtop文件的整个流程，并且用parmed工具检查你的prmtop文件

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[Amber] 固定部分原子用amber跑动力学出错