SWM4-NDP 与 NAMD

fantasticqhl · 发表于 Post on 2015-1-27 05:40:52

再来请教一个问题:

刚接触NAMD, 想要在NAMD中模拟一个体系, 一个分子A 在一个SWM4-NDP 水盒子中.
A分子的参数文件与psf文件,都可以自己编写, 而SWM4-NDP 水模型可以在
www.ks.uiuc.edu/Research/Drude/ 也可以下载到相关的轨迹文件与psf文件.
只是目前vmd不支持SWM4-NDP水模型, 构造起来就麻烦了一些!

希望各位给提提建议, 十分感谢!

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-1-27 12:28:37

分子A有极化力场的模型吗？没有的话就要确定混合使用极化和非极化模型是否合理

VMD的psfgen目前不能建立DRUDE力场的PSF，有参数和top也白费，除非你有CHARMM生成相应的psf文件

另外CHARMM-GUI http://www.charmm-gui.org/ 按道理来说也能建立这样的psf文件，不过除了纯水的，别的我都没有成功过

fantasticqhl · 发表于 Post on 2015-1-27 17:30:11

本帖最后由 fantasticqhl 于 2015-1-27 17:32 编辑

fhh2626 发表于 2015-1-27 12:28
分子A有极化力场的模型吗？没有的话就要确定混合使用极化和非极化模型是否合理

VMD的psfgen目前不能建立 ...

谢谢回复！

分子A也是按照drude模型自己构建的，属于极化力场！
psfgen与charmm-gui 我都试过，但是都不成功呀，
所以发帖问问！

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