初用Gamess求助

chenzhiyong

最近用Gamess做计算常碰到SCF难收敛，看网上有人用调高$SCF模块里的ETHRSH值的方法来解决SCF收敛。（比如$SCF ETHRSH=2.0 $end）
我想问下ETHRSH项调高对计算结果的影响大吗，可靠吗？
而且我试了一下，同一个结构在不同的ETHRSH值下给出的结果（SCF能量）相差很大，说明体系是要在统一的ETHRSH值下才能给出正确的结果。
所以我想知道是不是只要在统一的ETHRSH值下计算出来的结果都是可用的？？
求常用Gamess的大牛帮小弟解答一下困惑。

beefly

你被人忽悠了，这相当于gaussian用了著名的IOp(5/13=1)

chenzhiyong

beefly 发表于 2017-11-2 17:56
你被人忽悠了，这相当于gaussian用了著名的IOp(5/13=1)

首先谢谢您对我问题的解答，那就是说gamess计算也是不允许出现ETHRSH关键词的喽？
另外下面是我在网上查到的一段话，首先我想知道这样操作的结果是否可行？还有下面句子中punch out $vec和readin the $vec mentioned是如何进行的，能帮我解释下吗，或者给我个例子也行，手册没看懂。谢谢喽！
RHF should converge easily, ROHF often has problem, but you can still solve it by:
1. find out from which step the energy getting worse, for example from the 10th iteration
2. run another calculation for only 10 steps, use keyword MAXIT=10 in $contrl, punch out $vec
3. restart the calculation, readin the $vec mentioned, switch DIIS=.T. SOSCF=.F. to DIIS=.F. SOSCF=.T，

beefly

chenzhiyong 发表于 2017-11-2 19:33
首先谢谢您对我问题的解答，那就是说gamess计算也是不允许出现ETHRSH关键词的喽？
另外下面是我在网上查 ...

gamess解决不收敛的技巧比较少，甚至其他程序能很容易收敛的情况下，gamess也不收敛。

建议先用gaussian算，然后用multiwfn把fchk转成gamess能读入的初始轨道。

需要注意的是，gamess存在bug：对于存在对称性的分子，gamess可能会把分子输入坐标转动到标准方位（gamess与gaussian的标准方位往往不一致），但初始轨道不做转动，这种情况下采用gaussian的初始轨道无助于收敛，必须去掉对称性，或者禁止分子转动

chenzhiyong

beefly 发表于 2017-11-2 21:03
gamess解决不收敛的技巧比较少，甚至其他程序能很容易收敛的情况下，gamess也不收敛。

建议先用gaussi ...

好的，谢谢大神，我先试试

chenzhiyong

beefly 发表于 2017-11-2 21:03
gamess解决不收敛的技巧比较少，甚至其他程序能很容易收敛的情况下，gamess也不收敛。

建议先用gaussi ...

您好，我的分子轨道总数是645个，multiwfn给出的$vec是从1开始，逢100就又从0开始，不知道这对读取Gaussian的轨道初猜有没有影响啊，我现在碰到的错误是
INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY MOREAD   ROUTINE.
*** ERROR IN READMO:   PROBLEM READING ORBITALS!
POSSIBLY A DAMAGED OR MANGLED ORBITAL INPUT GROUP?
ERROR OCCURED AT ORBITAL=     1 (MODULUS 100=   1),
          ITS LINE NUMBER=   130
DATA READ FROM INPUT WAS ORBITAL=     2 LINE=     1
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Sat Nov  4 00:48:45 2017

zjxitcc

这时候高斯计算时最好使用nosymm关键词，Cartesian型基函数（高斯关键词写6D 10F），给GAMESS读入时才不会报错。GAMESS是每过100就重新从0开始计数，这个没问题。

chenzhiyong

zjxitcc 发表于 2017-11-3 19:31
这时候高斯计算时最好使用nosymm关键词，Cartesian型基函数（高斯关键词写6D 10F），给GAMESS读入时才不会 ...

谢谢您的回复！！！！！
Cartesian型基函数是指$contrl模块里ispher设为-1吗？
高斯关键词写6D 10F是什么意思？能够给个样本吗？

zjxitcc

chenzhiyong 发表于 2017-11-3 20:21
谢谢您的回复！！！！！
Cartesian型基函数是指$contrl模块里ispher设为-1吗？
高斯关键词写6D 10F是什 ...

6D 10F就是在高斯关键词那一行写6D 10F，它就是这样，这是高斯最短的两个关键词，感觉奇怪是正常的···
GAMESS里不用管ispher，除非你用的是GAMESS自带的cc-pVnZ型基组。高斯关键词punch=gamess，算完就会输出一个fort.7文件，里面就是GAMESS的格式了，基组都写好了。

chenzhiyong

zjxitcc 发表于 2017-11-3 20:29
6D 10F就是在高斯关键词那一行写6D 10F，它就是这样，这是高斯最短的两个关键词，感觉奇怪是正常的· ...

不好意思，我就是要用cc-pVnZ型基组，而且是必须的,这种情况用Cartesian基函数不会出问题吧，你看我关键词这么写没有问题吧？#T GFINPUT IOP(6/7=3) ROHF Gen 6D 10F nosymm  punch=gamess

zjxitcc

你没看清我说的，如果你用GAMESS自带的cc-pVnZ型基组（即使用$BASIS定义基组），那是要看ispher关键词的；你现在punch=gamess产生fort.7文件里已经有自定义基组信息了，它本质上是cc-pVnZ型基组，但不属于GAMESS自带的cc-pVnZ型基组，即不需要写$BASIS部分了，这时候一般不需要管ispher关键词。那一般之外的特殊是什么：前人明确使用了Cartesian型基组，你需要严格重复其结果。否则不需要管ispher这个词。
另，IOP(6/7=3) 多余···所有的分子轨道能级和轨道系数在fchk文件里都有，如果想在log里也看到轨道系数，加pop=full就行了；
GFINPUT多余，输不输出fort.7文件与这个词没有关系。如果没有其他目的，这两个词完全没必要。

chenzhiyong

zjxitcc 发表于 2017-11-4 13:56
你没看清我说的，如果你用GAMESS自带的cc-pVnZ型基组（即使用$BASIS定义基组），那是要看ispher关键词的； ...

不好意思，我好像没法理解你说的这个。我详细说说我这两天用gamess的问题吧。
1.首先gamess里面RHF是比ROHF好收敛的，我现在就是要在ROHF/aug-cc-pvtz水平下利用Gamess支持的考虑相对论效应的方法（DK3和IOTC或者LUT-IOTC）计算出分子的SCF能量。
目前碰到的主要问题就是SCF不收敛。
2.针对Gamess的SCF不收敛问题，我研究了两天，现在算是有点进展吧，但是还是存在一些问题的。
i. 第一个就是用beefly大神说的先用Gaussian算，然后用multiwfn把fchk转成gamess能读入的初始轨道。这里有个问题，Gaussian得到的fort.7文件里是有坐标，基组和轨道信息的，但是它给出的坐和基组是一个原子接一个原子的形式，和gamess输入文件的格式是不一样的。我的做法是重新把它写成了gamess输入文件的格式。我看了你说的这段话，我的理解是你对这个的处理是直接将fort.7文件里的坐标和基组格式copy到gamess输入文件，然后把$basis模块删掉？不知道我的理解是不是有误？

ii. 再有Gaussian给出的fort.7文件里的基组和我Gaussian输入文件的基组不一样，他们是不是只是形式上不一样，本质上是一样的？你说的GAMESS自带的cc-pVnZ型基组是不是指EMSL Basis Set网站上的Gamess基组还是说Gamess有内嵌的cc-pVnZ型基组？
iii. 你说的6D 10F两个关键词的作用是什么？不知道的话感觉用起来很心虚。

zjxitcc

额，你把问题想和做复杂了。fort.7文件里原子坐标和基组根本不用你改，GAMESS本来就是支持这种格式的，不存在“和gamess输入文件的格式是不一样的”问题。
还有fort.7文件里不可能有、也不可以有$basis模块，因为基组信息在$DATA里面已经全部给出了，不存在“把$basis模块删掉”这个问题。
我说的GAMESS自带的cc-pVnZ型基组，就是指它内嵌的cc-pVnZ型基组。不是指EMSL上的。
5D、6D就是指d轨道究竟是用5个球谐型高斯函数（符合化学直觉，5个d轨道），还是用6个Cartesian型高斯函数（符合数学直觉，6个d轨道），10F类似含义。可以参看官网说明http://gaussian.com/basissets/里的Pure vs. Cartesian页面。
就我目前的经验来看，GAMESS在读取轨道时只能读入Cartesian型基函数的轨道，所以Gaussian里要加60 10F。

chenzhiyong

zjxitcc 发表于 2017-11-4 17:03
额，你把问题想和做复杂了。fort.7文件里原子坐标和基组根本不用你改，GAMESS本来就是支持这种格式的，不存 ...

恩，你说的很明白了，非常感谢。

zjxitcc

chenzhiyong 发表于 2017-11-4 17:11
恩，你说的很明白了，非常感谢。

顺便说一下，$GUESS里面的NORB=多少要写。