高斯几何优化出现报错

yezhonghua

高斯进行一个300个原子体系的DFT结构优化
出现如下错误提示：
Out-of-memory error in routine FChkPn-MO (IEnd=      34658897 MxCore=      33554432)
Use %mem=34MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Tue Nov  7 09:37:16 2017.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000697fc8, rcx ffffffffffffffff
   rdx 000000000000593e, rsp 00007ffe0ce114b8, rbp 00007ffe0ce11510
   rsi 000000000000000b, rdi 000000000000593e, r8  00002ace5aa05200
   r9  0000000000000000, r10 00007ffe0ce11240, r11 0000000000000206
   r12 00007ffe0ce12970, r13 000000000068b10a, r14 0000000000000002
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available

我%mem设置是30GB的，这里提示要最少34MW的内容，不太明白这里去哪里进行设置。请教一下大神，该如何进行解决。
谢谢

liyuanhe211

肯定没设对、%mem没生效
300个原子DFT优化基本别想了。

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 20:59
肯定没设对、%mem没生效
300个原子DFT优化基本别想了。

%chk=Z-2-1.chk
%mem=40GB
%nprocshared=28
#p opt freq b3lyp/6-31g(d)

这是我的gjf文件设置，我用这个设置跑100个原子体系几何优化没有问题。
你说的设置没有生效应该不是这个原因
谢谢！

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 20:59
肯定没设对、%mem没生效
300个原子DFT优化基本别想了。

事实上我是709个原子体系

liyuanhe211

yezhonghua 发表于 2017-11-7 21:08
%chk=Z-2-1.chk
%mem=40GB
%nprocshared=28

上传完整输出文件

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2017-11-7 21:52
上传完整输出文件

你好，非常感谢你的回复。这是我的计算输出log文件。高斯提示错误如下：
Allocation failure for numerical quadrature. Error termination via Lnk1e in /opt//g09/l703.exe at Wed Nov 8 00:10:26 2017.

liyuanhe211

yezhonghua 发表于 2017-11-8 08:44
你好，非常感谢你的回复。这是我的计算输出log文件。高斯提示错误如下：
Allocation failure for numeri ...

你一楼贴的报错和你上传的输出文件根本不一回事。

一楼不是运行任务（g09命令）时的报错吧，我猜是你完了之后用fchk了（或者某种脚本、队列里写了跑完g09再跑fchk），那和输入文件的%mem有啥关系。。。

你的bashrc中g09root多写了一个斜线（虽然错误可能与此无关）

Allocation failure这个报错我没原样遇到过，不过像是你告诉Gaussian 可以用40GB内存，但系统中并没有这么多剩着。

先把体系简化了再说。709个原子B3LYP/6-31G(d) opt freq 才28核来跑是开玩笑

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2017-11-8 09:21
你一楼贴的报错和你上传的输出文件根本不一回事。

一楼不是运行任务（g09命令）时的报错吧，我猜是你 ...

谢谢
一楼的错误通过在bash通设置export GAUSS_MEMDEF=500MW就能够解决，应该是你分析的原因。
后边bashrc中的g09root多了一个斜杠，计算其他结构没有保错。
系统是64GB内存，一般剩余的内存足够40多G。估计应该是体系太大，709个原子体系28核的电脑无法用B3LYP/6-31G*运算吧。但是高斯16的官网上的例子好像比这个体系更大也能用DFT进行计算。

yezhonghua

liyuanhe211 发表于 2017-11-8 09:21
你一楼贴的报错和你上传的输出文件根本不一回事。

一楼不是运行任务（g09命令）时的报错吧，我猜是你 ...

谢谢你的回复，我简化了体系，将烷基链都改为甲基，体系为200多个原子，顺利计算了。

20087439

老师，你好。我是做煤大分子模型构建，大概接近300个原子，老师您基组方法用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d) ，我在论文里看到用的 #p opt freq M06-2X/6-31g，想咨询下您b3lyp和M06-2X有什么区别，哪个更适合算大分子能更节约时间，谢谢您！

wzkchem5

20087439 发表于 2020-10-19 19:52
老师，你好。我是做煤大分子模型构建，大概接近300个原子，老师您基组方法用的是#p opt freq b3lyp/6-31g(d ...

B3LYP稍快一点。论文里的6-31G有问题，必须至少用6-31G(d)，不加极化函数结果不能用。
另外建议加色散校正

20087439

wzkchem5 发表于 2020-10-20 09:57
B3LYP稍快一点。论文里的6-31G有问题，必须至少用6-31G(d)，不加极化函数结果不能用。
另外建议加色散校 ...

非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？至少得几核多少内存的，我用自己的普通台式机仅优化现在算了10天还没结束。

zjxitcc

20087439 发表于 2020-10-20 22:00
非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？ ...

看sob老师博文《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

要对自己研究体系的计算量有个概念，切勿使用一把小刀去割整个麦田，应量力而为。例如在自己的硬件配置下，算个单点如果要1天，结构优化假设30步（不算多），这就相当于需要30天，这样的任务显然是不符合当前算力的。算力与任务要匹配，20个原子以下的DFT计算，确实台式机、笔记本电脑就能轻松胜任。

像你当前这种情况，优化一个结构都超过10天，你要认真考虑一下自己的硬件配置和任务类型了。

biogon

20087439 发表于 2020-10-20 22:00
非常感谢老师的回复，我现在正好用的是b3lyp/6-31g(d)来优化，这个量化计算对电脑配制有什么最低要求吗？ ...

300原子优化，没个好点机器就不要想了，纯粹是在浪费时间

20087439

zjxitcc 发表于 2020-10-20 23:15
看sob老师博文《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

要对自己研究体系的计算量有个概念， ...

好的，非常感谢老师们给出的宝贵的建议。考虑后续要预测核磁谱图，查资料说它运算的基组级别要比优化的高要好些，所以对这样的大分子体系我用 b3lyp/3-21g(d)来优化和频率计算，用 b3lyp/6-31g(d)来预测NMR核磁谱图可以吗？再次感谢!