计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9204|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] G16力场数产生方式问题

[复制链接 Copy URL]

19

帖子

0

威望

73

eV
积分
92

Level 2 能力者

在使用G16找寻过渡态的过程中,固定优化没有计算频率,按老师的说法是没有产生力场数。但是,在我解固定优化的文件中,输入readfc关键字读取固定优化chk文件的力场数。请问解固定优化这一步的力场数是怎么产生的。固定优化和解固定优化的输入文件如下。
G09如果固定优化没有输入freq关键字,则必须在解固定优化的文件中输入calcfc才能继续寻找过渡态。
请问是G16和G09有什么不一样吗。为什么G16可以允许这样的操作。谢谢。

固定优化文件如下:
%nprocshared=16
%mem=8GB
%chk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen) freq b3lyp/genecp pop=full empiricaldispersion=gd3 gfinput

Title Card Required

0 3
坐标信息

B 70 72 F
B 70 71 F
B 72 71 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

解固定优化文件如下:
%nprocshared=14
%mem=8GB
%oldchk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_po1.chk
%chk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

Title Card Required

0 3

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz



6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-2-8 23:53:13 | 只看该作者 Only view this author
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq?既然写了,在chk里就有最后一步结构的Hessian信息,之后就可以用readfc读取
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

19

帖子

0

威望

73

eV
积分
92

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-9 00:07:58 | 只看该作者 Only view this author
谢谢Sob老师指正。我贴错了,应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的,因为这样用G16算,也不会报错。
限制性优化输入文件如下。
%nprocshared=12
%mem=8GB
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3

Title Card Required

0 3

B 86 87 F
B 86 76 F
B 87 76 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz



非限制性优化输入文件如下:
%nprocshared=16
%mem=8GB
%oldchk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen,loose) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

Title Card Required

0 3

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz




19

帖子

0

威望

73

eV
积分
92

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-9 00:10:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq?既然写了,在chk里就有最后一步结构 ...

谢谢Sob老师指正。我贴错了,十分抱歉。应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的,因为这样用G16算,也不会报错。
限制性优化输入文件如下。
%nprocshared=12
%mem=8GB
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3

Title Card Required

0 3

B 86 87 F
B 86 76 F
B 87 76 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz



非限制性优化输入文件如下:
%nprocshared=16
%mem=8GB
%oldchk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen,loose) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

Title Card Required

0 3

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2018-2-9 00:22:07 | 只看该作者 Only view this author
Xiumei_Zhong 发表于 2018-2-9 00:10
谢谢Sob老师指正。我贴错了,十分抱歉。应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的,因 ...

几何优化过程,即便没写calcfc/calcall/recalc,也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵,在优化过程中不断通过Bofill等方式更新Hessian矩阵,最后的chk文件也会有Hessian信息(可以转化成fch然后搜索force constants)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

478

eV
积分
525

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2018-2-9 10:07:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq?既然写了,在chk里就有最后一步结构 ...

sob老师,高斯16只能双节点并行吗?不能跨多节点吗?

19

帖子

0

威望

73

eV
积分
92

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-9 12:04:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-9 00:22
几何优化过程,即便没写calcfc/calcall/recalc,也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵,在优化过程中不断 ...

再请问一下Sob老师,我看限制性优化的fch文件,也看到了Internal Force Constants的数据。请问这一步(关键字如下:#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3)为什么需要计算Force Constants呢?下一步的非限制性优化读这一步限制性优化的chk文件的fc的时候,读的是这个Force Constants吗?

19

帖子

0

威望

73

eV
积分
92

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-9 12:09:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-9 00:22
几何优化过程,即便没写calcfc/calcall/recalc,也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵,在优化过程中不断 ...

我在G09上,用同样的方法(不加Freq)产生限制性优化的文件,然后(readfc)读取限制性优化的fc,进行下一步的非限制性优化寻找过渡态,同样不报错。但是在限制性优化的fch文件中却找不到Force Constants的相关信息。不知道非限制性优化中的fc是怎么产生的。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2018-2-9 13:29:30 | 只看该作者 Only view this author
尚艳磊 发表于 2018-2-9 10:07
sob老师,高斯16只能双节点并行吗?不能跨多节点吗?

只要你想跨节点,就必须买linda版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2018-2-9 13:31:26 | 只看该作者 Only view this author
Xiumei_Zhong 发表于 2018-2-9 12:04
再请问一下Sob老师,我看限制性优化的fch文件,也看到了Internal Force Constants的数据。请问这一步(关 ...


因为牛顿法/赝牛顿法必须有Hessian矩阵才能计算,所以必须计算Hessian

之后的优化去读这个本身就没准确计算的Hessian根本没什么意义、不会带来什么好处
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

19

帖子

0

威望

73

eV
积分
92

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-2-9 17:00:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-2-9 13:31
因为牛顿法/赝牛顿法必须有Hessian矩阵才能计算,所以必须计算Hessian

之后的优化去读这个本身就没 ...

明白了,谢谢Sob老师耐心解答和指正!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 20:14 , Processed in 0.161568 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list