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[Gaussian/gview] G16力场数产生方式问题

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发表于 2018-2-8 18:24:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
在使用G16找寻过渡态的过程中,固定优化没有计算频率,按老师的说法是没有产生力场数。但是,在我解固定优化的文件中,输入readfc关键字读取固定优化chk文件的力场数。请问解固定优化这一步的力场数是怎么产生的。固定优化和解固定优化的输入文件如下。
G09如果固定优化没有输入freq关键字,则必须在解固定优化的文件中输入calcfc才能继续寻找过渡态。
请问是G16和G09有什么不一样吗。为什么G16可以允许这样的操作。谢谢。

固定优化文件如下:
%nprocshared=16
%mem=8GB
%chk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen) freq b3lyp/genecp pop=full empiricaldispersion=gd3 gfinput

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0 3
坐标信息

B 70 72 F
B 70 71 F
B 72 71 F

C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz

解固定优化文件如下:
%nprocshared=14
%mem=8GB
%oldchk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_po1.chk
%chk=PhI_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf1_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

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C H O N -F 0
6-31G(d)
****
Pd I 0
lanl2dz
****
Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
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Pd I 0
lanl2dz



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发表于 2018-2-8 23:53:13 | 显示全部楼层
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq?既然写了,在chk里就有最后一步结构的Hessian信息,之后就可以用readfc读取
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 楼主| 发表于 2018-2-9 00:07:58 | 显示全部楼层
谢谢Sob老师指正。我贴错了,应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的,因为这样用G16算,也不会报错。
限制性优化输入文件如下。
%nprocshared=12
%mem=8GB
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3

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B 86 87 F
B 86 76 F
B 87 76 F

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Pd I 0
lanl2dz
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f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
****

Pd I 0
lanl2dz



非限制性优化输入文件如下:
%nprocshared=16
%mem=8GB
%oldchk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen,loose) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

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Pd 0
f 1 1.0
1.472 1.0
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d 1 1.0
0.289 1.0
****

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 楼主| 发表于 2018-2-9 00:10:18 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq?既然写了,在chk里就有最后一步结构 ...

谢谢Sob老师指正。我贴错了,十分抱歉。应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的,因为这样用G16算,也不会报错。
限制性优化输入文件如下。
%nprocshared=12
%mem=8GB
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3

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f 1 1.0
1.472 1.0
****
I 0
d 1 1.0
0.289 1.0
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Pd I 0
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非限制性优化输入文件如下:
%nprocshared=16
%mem=8GB
%oldchk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_po1.chk
%chk=PhICH3_2DMTPHEN_2Pd_2TFA_triplet_TS1_cf2_of1.chk
#p opt=(nofreeze,readfc,ts,noeigen,loose) b3lyp/genecp freq empiricaldispersion=gd3 gfinput pop=full
#geom=check guess=read

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d 1 1.0
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发表于 2018-2-9 00:22:07 | 显示全部楼层
Xiumei_Zhong 发表于 2018-2-9 00:10
谢谢Sob老师指正。我贴错了,十分抱歉。应该是下面这种情况。不知道非限制性优化的力常数是怎么来的,因 ...

几何优化过程,即便没写calcfc/calcall/recalc,也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵,在优化过程中不断通过Bofill等方式更新Hessian矩阵,最后的chk文件也会有Hessian信息(可以转化成fch然后搜索force constants)
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发表于 2018-2-9 10:07:59 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-8 23:53
是“力常数”不是“力场数”

你的限制性优化任务不是已经写了freq?既然写了,在chk里就有最后一步结构 ...

sob老师,高斯16只能双节点并行吗?不能跨多节点吗?

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 楼主| 发表于 2018-2-9 12:04:22 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-9 00:22
几何优化过程,即便没写calcfc/calcall/recalc,也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵,在优化过程中不断 ...

再请问一下Sob老师,我看限制性优化的fch文件,也看到了Internal Force Constants的数据。请问这一步(关键字如下:#p opt=(modredundant,noeigen,loose) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3)为什么需要计算Force Constants呢?下一步的非限制性优化读这一步限制性优化的chk文件的fc的时候,读的是这个Force Constants吗?

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 楼主| 发表于 2018-2-9 12:09:37 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-9 00:22
几何优化过程,即便没写calcfc/calcall/recalc,也会基于价力场方式初猜的Hessian矩阵,在优化过程中不断 ...

我在G09上,用同样的方法(不加Freq)产生限制性优化的文件,然后(readfc)读取限制性优化的fc,进行下一步的非限制性优化寻找过渡态,同样不报错。但是在限制性优化的fch文件中却找不到Force Constants的相关信息。不知道非限制性优化中的fc是怎么产生的。

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发表于 2018-2-9 13:29:30 | 显示全部楼层
尚艳磊 发表于 2018-2-9 10:07
sob老师,高斯16只能双节点并行吗?不能跨多节点吗?

只要你想跨节点,就必须买linda版
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发表于 2018-2-9 13:31:26 | 显示全部楼层
Xiumei_Zhong 发表于 2018-2-9 12:04
再请问一下Sob老师,我看限制性优化的fch文件,也看到了Internal Force Constants的数据。请问这一步(关 ...


因为牛顿法/赝牛顿法必须有Hessian矩阵才能计算,所以必须计算Hessian

之后的优化去读这个本身就没准确计算的Hessian根本没什么意义、不会带来什么好处
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 楼主| 发表于 2018-2-9 17:00:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-2-9 13:31
因为牛顿法/赝牛顿法必须有Hessian矩阵才能计算,所以必须计算Hessian

之后的优化去读这个本身就没 ...

明白了,谢谢Sob老师耐心解答和指正!
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