请教：RCSB库中蛋白质的unit cell结构如何得到？

kaliandaze · 发表于 Post on 2018-2-25 16:59:43

以PDB id:1TNR为例，在RCSB数据库下载的PDB文件为1个TNFβ和1个TNFR的复合物。结构见图1。在3D view页面上选择了unit cell,可以显示它的实际的3聚结构，见图2。
我想用pymol观察它的3聚结构。但下载的PDB文件是单体，请问那个unit cell的三聚结构文件如何得到呢？谢谢

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2018-2-25 17:07:17

看这儿！

kaliandaze · 发表于 Post on 2018-2-25 19:42:35

我本是个娃娃发表于 2018-2-25 17:07
看这儿！

这样下载的PDB文件是一个复合物，和帖子里图1一样。我想要图2那种三个复合物形成的三聚体结构。

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2018-2-26 15:20:02

pymolwiki上找supercell.py
> run supercell.py
> supercell 1,1,1

kaliandaze · 发表于 Post on 2018-2-28 14:36:25

xiaoruoqiu 发表于 2018-2-26 15:20
pymolwiki上找supercell.py
> run supercell.py
> supercell 1,1,1

谢谢您，另外我还在别的地方看到一个在线工具，http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html#opennewwindow，可以得到多聚状态的结构。

ene · 发表于 Post on 2018-3-1 18:46:57

可以利用vmd来完成，这篇教程中间有构建多聚体结构的方法。

mem-tutorial.pdf (4.45 MB, 下载次数 Times of downloads: 50)

fly0928 · 发表于 Post on 2021-9-1 21:10:00

pdb的REMARK，350行有多聚体变换信息。
http://watcut.uwaterloo.ca/tools/makemultimer/retrieve
此网站识别多聚信息，输入PDB编号，会自动输出多聚体pdb文件

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[综合交流] 请教：RCSB库中蛋白质的unit cell结构如何得到？

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