molclus安装及使用问题求助

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-5-13 09:44:11

按照老师的两篇博文（molclus和genmer的那俩）尝试了好几次，windows下要么不运行闪退，要么运行然后报错。molclus也没有输出任何输出文件。

使用的文件是运行genmer程序产生的traj.xyz文件。

template.gjf (65 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 12)

traj.xyz (88.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

genmer程序的setting.ini信息：

20 // The number of configurations of the cluster to be generated

0.1 // Step size to grow monomer from cluster center, larger value leads tofaster calculation but lower accuracy

0 // 0: Don't shuffle the sequence of molecular types 1: shuffle the sequence

1 // 0: Use CSD covalent radii to detect proper contacts 1: Use Bondi vdW radii

---- Below are the number and .xyz file ofeach type of molecule ----1

1

examples\dopamine.xyz

30

examples\H2O.xyz

用的都是examples文件夹里的文件。

问题1：

版本molclus_1.4_Win

程序路径E:\mine\molclus_1.4_Win\molclus_1.4.2_Win\molclus.exe

错误情况：双击后闪退，程序没有运行迹象

setting.ini 内容：

isys= 1 // =1: Windows =2: Linux/MacOS

iprog= 2 // =1: Gaussian =2:MOPAC2012/2016 =3: ORCA =4: xtb

ngeom= 0 // =0: Process all geometries in traj.xyz =n: Only consider the first n geometries =n,m: Process from the nth to mth geometries

ieneonly= 0 // =1: Only evaluate single pointenergy from each geometry =0: Performoptimization (frequency analysis keyword can also be presented together)

distmax= 999 // If the distance between any two atoms islarger than this (Angstrom), the geometry will be skipped

ipause= 0 // =1: Pause if optimization didn't converge (For Gaussian andORCA) =2: Always pause after eachcycle =0: Don't pause

ibkout= 0 // =0: Don't backup =1: Backup all output files =2: Only backupsuccessful output files =3: Only backup failed output files

--- Below for Gaussian ---

gaussian_path="E:\g09\g09.exe"

igaucontinue= 0 // =1: If optimization failed due to exceededthe number of steps, continue to optimize the last geometry usingtemplate2.gjf =0: Don't continue

energyterm= HF= // The keyword for extracting energy termfrom archive part of gau.out, e.g. "HF=", "MP2="

ibkchk= 0 // The same as ibkout, but for .chk file

（我觉得电脑里没有那几个程序，就把剩下的for其他程序的几行删掉了）

Gaussian路径：E:\g09\g09.exe

问题2：仍然是闪退，不运行

我设置了Gaussian的环境变量，将setting.ini里的Gaussian路径写成

gaussian_path=" g09 "

其他没变，同问题1。

问题3：程序运行，弹出运行界面，但是报错。

改动信息:

setting.ini内容：

isys= 1 // =1: Windows =2: Linux/MacOS

iprog= 2 // =1: Gaussian =2:MOPAC2012/2016 =3: ORCA =4: xtb

ngeom= 0 // =0: Process all geometries in traj.xyz =n: Only consider the first n geometries =n,m: Process from the nth to mth geometries

ieneonly= 0 // =1: Only evaluate single pointenergy from each geometry =0: Performoptimization (frequency analysis keyword can also be presented together)

distmax= 999 // If the distance between any two atoms islarger than this (Angstrom), the geometry will be skipped

ipause= 0 // =1: Pause if optimization didn't converge (For Gaussian andORCA) =2: Always pause after eachcycle =0: Don't pause

ibkout= 0 // =0: Don't backup =1: Backup all output files =2: Only backupsuccessful output files =3: Only backup failed output files

--- Below for Gaussian ---

gaussian_path= "g09"

igaucontinue= 0 // =1: If optimization failed due to exceededthe number of steps, continue to optimize the last geometry usingtemplate2.gjf =0: Don't continue

energyterm= HF= // The keyword for extracting energy termfrom archive part of gau.out, e.g. "HF=", "MP2="

ibkchk= 0 // The same as ibkout, but for .chk file

---Below for ORCA ---

orca_path="D:\study\orca\orca.exe"

ibktrj=0 // =1: After each cycle backup .trjfile as .xyz file with step number in the name =0: Don't backup

mpioption=none // Special MPI option for runningORCA in parallel mode. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, mustset this option to "none"

---Below for MOPAC ---

mopac_path="C:\Program Files\MOPAC\MOPAC2016.exe"

---Below for xtb ---

xtb_path="/sob/xtb/xtb"

xtb_arg="-chrg 0 -uhf 0" // Additionalargument for xtb （don't write such as "-opt""-sp" into it）

(并且恢复了原来setting.ini的后半段信息)

molclus程序报错信息：

molclus: A portable program for searchingcluster configurations and molecular conformations

Version 1.4.2 (Full ver.), release date:2018-May-10

Developed by Tian Lu, contact:sobereva@sina.com

Homepage: http://www.keinsci.com/research/molclus.html

Beijing Kein Research Center for NaturalSciences (http://www.keinsci.com)

Allgeometries in traj.xyz will be proceeded

Clean old files

Running: del *.out *.arc

找不到 E:\mine\molclus_1.4_Win\molclus_1.4.2_Win\*.out

All .out and .arc files in current folder havebeen cleaned

*** Configuration 1 ***

Current date: 2018-05-12 Time: 15:13:37

Loading geometry 1 from traj.xyz

Checking geometry...

Generating MOPAC.mop...

Running MOPAC: "C:\ProgramFiles\MOPAC\MOPAC2016.exe" MOPAC.mop

'C:\Program'不是内部或外部命令，也不是可运行的程序

或批处理文件。

Cannot found MOPAC.arc, the task maybe failed

Wallclock time elapsed in this cycle: 0s

*** Configuration 2 ***

…

*** Configuration 20 ***

All tasks running finished!

Allcalculations totally took up wall clock time about 0s

Press ENTER to exit

产生了isomers.xyz，但是是空文件，0kB

疑惑：

总算运行了，但是不知道为什么会调用MOPAC这一行，我电脑没有安装MOPAC，是不是这个程序只调用在C盘的程序？

然后我把Gaussian重新安在C盘根目录下，重新设置环境变量啥的，又重复以上，还是报错，一样的信息。

问题4：windows版的不能用，我想再试下linux版的，

下载安装了linux的试用版，由于原子数有限制，就用了examples文件夹里的例子，H2O的那个，运行了，但是几个输出文件里也是有错，还不太清楚linux版本计算的是不是对的结果···

我把linux版本产生的文件传上来了，请各位老师指点~

linux_free_output.zip (1.16 MB, 下载次数 Times of downloads: 12)

谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-13 19:29:16

1 settings.ini里需要改什么就改什么，别删除其它的

2 正如《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577）所说，GAUSS_EXEDIR设的是g09.exe或g16.exe所在目录，而不是这个可执行文件的路径

3 你把iprog设成了2，对应MOPAC，机子里又没装MOPAC，显然运行不了

4 几何优化都没收敛。水团簇体系显然不能用B3LYP优化，至少也得带D3校正。注意参考http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html文中处理水四聚体情况用的关键词。

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-5-14 10:46:55

sobereva 发表于 2018-5-13 19:29
1 settings.ini里需要改什么就改什么，别删除其它的

2 正如《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象 ...

谢谢老师！
我把windows下的文件按要求改了，1,2,3，4项都改好了，然后运行molclus,也是闪退，但是这次产生了一个gau.gjf,我查了下电脑，发现Gaussian没有在运行。产生的isomer.xyz文件还是0KB。
应该是还没调用gaussian？还是其他的问题？
谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-14 12:57:41

万卷书万里路发表于 2018-5-14 10:46
谢谢老师！
我把windows下的文件按要求改了，1,2,3，4项都改好了，然后运行molclus,也是闪退，但是这次 ...

先进入cmd（windows的命令行环境），执行molclus，这样出错时候不会自动关闭窗口。把此时的截图发上来，从提示上通常能找到原因

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-5-14 21:41:51

sobereva 发表于 2018-5-14 12:57
先进入cmd（windows的命令行环境），执行molclus，这样出错时候不会自动关闭窗口。把此时的截图发上来， ...

好的，谢谢老师~

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-15 06:50:32

万卷书万里路发表于 2018-5-14 21:41
好的，谢谢老师~

file not found那一句提示了，settings.ini不在当前目录

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-5-16 10:02:07

sobereva 发表于 2018-5-15 06:50
file not found那一句提示了，settings.ini不在当前目录

嗯，谢谢老师~
他指的当前目录不是molclus程序所在的目录吗，setting.ini等文件都在，感觉报错指的目录是C:\Users\666666\
我就把所有相关文件复制到这个目录下了，还是一步一步提示出错
麻烦老师了~

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-16 18:00:47

1、2：当前目录没有traj.xyz

3：template.gjf不在当前目录

5、6 没有正确安装Gaussian

当前目录是指的你当前提示符所对应的目录，即C:\Users\666666。尽量别把程序放到中文路径下，否则容易出现奇怪现象。

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-5-23 09:52:35

sobereva 发表于 2018-5-16 18:00
1、2：当前目录没有traj.xyz

3：template.gjf不在当前目录

谢谢老师！
我试了好多次还是不行，所有文件已经放到当前目录下了，问您一下，5,6没有正确安装Gaussian,也不提示下哪里错了吗，我重新安了一遍也不行。

之后我又换了linux的版本去试，结果也是出错

./molclus: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./molclus)
请问老师这又是什么意思？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-23 18:33:11

万卷书万里路发表于 2018-5-23 09:52
谢谢老师！
我试了好多次还是不行，所有文件已经放到当前目录下了，问您一下，5,6没有正确安装Gaussian, ...

你把settings.ini里的gaussian_path设为实际g09.exe或g16.exe的路径。

你的系统太老，比我编译molclus用的CentOS 7老。如果你不方便更新系统，联系我，我可以给你CentOS 6下编译的molclus

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-4 18:17:11

sobereva 发表于 2018-5-23 18:33
你把settings.ini里的gaussian_path设为实际g09.exe或g16.exe的路径。

你的系统太老，比我编译molclus ...

老师，Linux的molclus装上不能运行，这是哪问题？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-5 01:55:43

欢乐多发表于 2019-8-4 18:17
老师，Linux的molclus装上不能运行，这是哪问题？

输入./molclus
一个可执行文件如果不在$PATH环境变量所定义的目录中，就得明确输入路径，这是Linux常识

xiaolinyang · 发表于 Post on 2019-10-18 22:15:15

老师：您好，这样子是不是就算是安装好molclus 了的呢？@sobereva

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-19 08:31:57

xiaolinyang 发表于 2019-10-18 22:15
老师：您好，这样子是不是就算是安装好molclus 了的呢？@sobereva

是

xiaolinyang · 发表于 Post on 2019-10-19 19:11:00

sobereva 发表于 2019-10-19 08:31
是

好的谢谢老师。

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