colvar结合gromacs计算单粒子通过纳米孔PMF的colvar.dat文件应该怎么写

thor

体系如下图所示


现在想计算粒子穿过纳米孔的PMF，自己写的colvar.dat内容如下，但是输出的pmf为一条直线不知道问题出在那里

fhh2626

distanceXY方向上还要有约束，不然实现不了穿洞

thor

我之前在mdp文件中固定了该分子的xy坐标，好像是实现了穿洞，但是结果是一条直线。我也尝试定义distanceXY，但是不太明白其中的上下界是怎么定义

thor

fhh2626 发表于 2023-11-1 15:17
distanceXY方向上还要有约束，不然实现不了穿洞

@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是out.metadynamics1.pmf（这个应该是meta-eABF输出的pmf吧）输出的很不一样，差别很大，我使用的设置参考了您的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0805&highlight=EABF，您看看是不是有什么不对的地方

1. colvarsTrajFrequency    20000
   
2. colvarsRestartFrequency 1000000
   
3. 
   
4. colvar {
   
5.     name gas
   
6. 
   
7.     width 0.1
   
8.     lowerBoundary -20
   
9.     upperBoundary  20
   
10.    
    
11.     extendedLagrangian on
    
12.     extendedFluctuation 0.1
    
13.     extendedTimeConstant   200
    
14.    
    
15.     subtractAppliedForce   on
    
16.     expandboundaries    on
    
17. 
    
18.     distanceZ {
    
19.          main {
    
20.             atomNumbers 405
    
21.         }
    
22.          ref {
    
23.             dummyAtom (0, 0, 0)
    
24.         }
    
25.           axis (0.0, 0.0, 1.0)
    
26.           #forceNoPBC       no
    
27.     }
    
28. 
    
29. }
    
30. 
    
31. colvar {
    
32.     name gas_xy
    
33. 
    
34.     width 0.1
    
35.     lowerBoundary 0
    
36.     upperBoundary 0.001
    
37.    
    
38.     extendedLagrangian on
    
39.     extendedFluctuation 0.1
    
40.     extendedTimeConstant   200
    
41.    
    
42.     subtractAppliedForce   on
    
43.     expandboundaries    on
    
44.    
    
45.     distanceXY {
    
46.          main {
    
47.             atomNumbers 405
    
48.         }
    
49.          ref {
    
50.             dummyAtom (0, 0, 0)
    
51.         }
    
52.     }
    
53. 
    
54. }
    
55. 
    
56. harmonicWalls {
    
57.     name walls
    
58.     colvars gas gas_xy
    
59.     lowerWalls -20 0
    
60.     upperWalls  20 0.001
    
61.     forceConstant 10.0
    
62. }
    
63. 
    
64. 
    
65. abf {
    
66.     name abf
    
67.     colvars gas
    
68.     fullsamples 500
    
69.     historyFreq 1000000
    
70.     writeCZARwindowFile on
    
71.     CZARestimator on  
    
72. }
    
73. 
    
74. metadynamics {
    
75.   colvars gas
    
76.   hillwidth  5
    
77.   hillweight  0.1
    
78.   welltempered   on
    
79.   biastemperature  4000
    
80. }

复制代码

fhh2626

thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

out.metadynamics1.pmf没用，不用管

thor

fhh2626 发表于 2024-1-28 11:43
out.metadynamics1.pmf没用，不用管

那这个意思是加了metadynamics这个语句之后，out.abf.czar.pmf就是meta-eABF跑出来的数据吗？

fhh2626

thor 发表于 2024-1-28 12:24
那这个意思是加了metadynamics这个语句之后，out.abf.czar.pmf就是meta-eABF跑出来的数据吗？

对的

qmlearner

thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

请问dummyAtom()里面是孔的中心坐标吗？单位是都是nm吗？

thor

qmlearner 发表于 2025-1-17 11:30
请问dummyAtom()里面是孔的中心坐标吗？单位是都是nm吗？

参考坐标

海棠依旧cdut

thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

请问您发的代码中哪些代码限制了是施加xy方向约束的呢？

thor

海棠依旧cdut 发表于 2025-1-21 11:31
请问您发的代码中哪些代码限制了是施加xy方向约束的呢？

集合变量名gas_xy，harmonic_wall对gas_xy施加约束