柔性扫描两个原子间键长问题

大慧慧 · 发表于 Post on 2018-5-20 19:02:20

本帖最后由大慧慧于 2018-5-20 19:04 编辑

想用柔性扫描2号氧和5号碳原子之间距离，但是打开输出文件发现扫描的是1号氢和三号碳两个原子间的距离，想问一下为什么

zjxitcc · 发表于 Post on 2018-5-20 19:29:29

请贴出输入文件gjf

大慧慧 · 发表于 Post on 2018-5-21 14:51:36

zjxitcc 发表于 2018-5-20 19:29
请贴出输入文件gjf

输入文件如下
%chk=s.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=c6h6)

Title Card Required

0 1
C                -1.21354200 1.63761800 -1.41904700
O                -1.07126500 2.89653600 -0.91867900
C                0.88603600 -1.82178600 -0.64798700
C                3.51612100 0.32643900 0.71745900
C                1.27002000 0.39994700 -0.06868800
C                2.86035400 1.64267800 1.18718500
H                3.46107600 -0.42252100 1.51623000
C                1.33601300 1.39479100 1.05340500
H                3.14837200 1.91999700 2.20331700
N                0.31989200 -0.61518700 -0.20343800
O                0.26741000 -2.83281700 -0.90698100
C                2.39638200 -1.62067500 -0.72845000
H                2.75355100 -1.96722700 -1.69924200
C                2.63023000 -0.12145400 -0.46764000
H                4.56773800 0.44650700 0.44583600
H                2.98565600 0.36746700 -1.38441200
H                2.85967900 -2.25873200 0.03165100
H                3.16035200 2.46279500 0.52715900
C                -3.03984600 -1.23848800 1.24798400
C                -1.69337300 -1.37168800 0.93330800
C                -1.07258400 -0.45279700 0.07956500
C                -1.80693400 0.61091600 -0.47204900
C                -3.15899700 0.73040900 -0.13039800
C                -3.77742100 -0.17950000 0.71939900
H                -3.50991300 -1.95758000 1.90908800
H                -1.11428100 -2.18636600 1.34819100
H                -3.73179000 1.55139000 -0.54937100
H                -4.82751700 -0.06748500 0.96425700
H                -1.82458000 1.69949800 -2.34334800
H                -0.22566000 1.31759600 -1.80516400
H                0.92194800 0.95727900 1.97367600
H                0.77219400 2.31549000 0.86719700

2 5 S 22 -0.1

zjxitcc · 发表于 Post on 2018-5-21 15:38:26

你是不是搞错文件了啊···你这贴出的文件1号原子是C，图上却标着1号原子是H。还有你这原子标号怎么看上去有的显示，有的没显示，有点乱

大慧慧 · 发表于 Post on 2018-5-22 18:54:42

zjxitcc 发表于 2018-5-21 15:38
你是不是搞错文件了啊···你这贴出的文件1号原子是C，图上却标着1号原子是H。还有你这原子标号怎么看上去 ...

最后扫描的2号氧和32号氢之间的距离

zjxitcc · 发表于 Post on 2018-5-22 19:17:04

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