请教如何在VMD或者其他建模程序画多边形

alystone · 发表于 Post on 2018-5-30 13:21:56

请问，已知金属和配位原子坐标，如何在VMD或者其他建模程序中画多边形，并染色。具体效果图见图。请教会的人简单说一下流程，谢谢啦。

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-30 17:55:54

agent99 · 发表于 Post on 2018-5-31 06:37:45

感谢sob，收藏了

alystone · 发表于 Post on 2018-5-31 07:51:58

本帖最后由 alystone 于 2018-5-31 07:54 编辑

sobereva 发表于 2018-5-30 17:55

谢谢sob老师。请问老师想画原子之间连线的黑线，如何来画。

guoy14iccas · 发表于 Post on 2018-5-31 15:04:12

alystone 发表于 2018-5-31 07:51
谢谢sob老师。请问老师想画原子之间连线的黑线，如何来画。

请看sob老师这篇博客文章
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

alystone · 发表于 Post on 2018-5-31 15:18:02

guoy14iccas 发表于 2018-5-31 15:04
请看sob老师这篇博客文章
在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本
http://sobereva.com/410

谢谢提醒。

alystone · 发表于 Post on 2018-5-31 15:18:50

我写了一个tcl小脚本，实现了画黑线的过程，希望对做图的人有帮助。
set totalO [atomselect 0 "element O and within 3 of resid 2" frame 1]
foreach i [$totalO list] {
set sel [atomselect 0 "element O and (within 3 of resid 2) and ( within 3.8 of index $i)" frame 1]
puts "$i [$sel num]"
foreach j [$sel get index] {
puts "$i $j"
set seli [atomselect 0 "index $i" frame 1]
set selj [atomselect 0 "index $j" frame 1]
set coordi [$seli get {x y z}]
set coordj [$selj get {x y z}]
set para "line $coordi $coordj width 8"
draw color black
draw $para
}
}

Turylc · 发表于 Post on 2022-4-19 16:46:57

请问这个画多边形能任意选择原子吗？比如我的Au38团簇，想把其中一部分多边形的突出出来，怎么设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 07:15:27

Turylc 发表于 2022-4-19 16:46
请问这个画多边形能任意选择原子吗？比如我的Au38团簇，想把其中一部分多边形的突出出来，怎么设置呢？

用恰当的选择语句选择构成那部分多边形的原子作为一个单独的rep并设置绘制方式
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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