用gromacs模拟己酸甲脂150摄氏度界面时nvt出现真空区怎么解决？

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2018-6-3 18:15:06

模拟过程1.首先建立一个5*5*5的盒子
2.能量最小化100000步
3.NPT步长0.002ps，跑20000000步，计算长程力采用cut-off方法，采用Berendsen压力耦合。温度采用V-rescale控温跑后盒子 4.87489*4.87489*4.87489
4.增大盒子x,y方向不变，z方向增大到10
5.NVT模拟，步长0.002ps，15000000步，计算长程采用cut-off方法，也采用Berendsen压力耦合
出现了真空区，不知道什么原因，是因为盒子增大的不够吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-4 04:43:30

增大盒子跑NVT不就是为了能有一部分真空区

wbn · 发表于 Post on 2018-6-4 05:34:07

NVT哪来的压力耦合

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2018-6-4 11:53:10

sobereva 发表于 2018-6-4 04:43
增大盒子跑NVT不就是为了能有一部分真空区

是盒子中间有真空区

shanxitaiyuan · 发表于 Post on 2018-6-4 11:54:24

wbn 发表于 2018-6-4 05:34
NVT哪来的压力耦合

是的没有，写错了

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-4 13:57:07

shanxitaiyuan 发表于 2018-6-4 11:53
是盒子中间有真空区

没图说不清楚
本身有PBC条件，中间有真空区和盒子上方有真空区本身是一码事

wbn · 发表于 Post on 2018-6-5 00:40:30

shanxitaiyuan 发表于 2018-6-4 11:53
是盒子中间有真空区

一般盒子没平衡好的话有可能中间个把原子离得过近或者初始动能过大，导致放开体积后slab弹开。不清楚为什么你NPT了2ns还会出现这种情况。建议试一下在z方向伸长之前做两ns的NVT。记得mdp文件中不要重新生成velocity.T-couple建议改用Nose-Hoover

k64_cc · 发表于 Post on 2018-6-7 18:01:51

wbn 发表于 2018-6-5 00:40
一般盒子没平衡好的话有可能中间个把原子离得过近或者初始动能过大，导致放开体积后slab弹开。不清楚为什 ...

CSVR怎么看都比Nose-Hoover强好吧……

一条君 · 发表于 Post on 2020-12-10 11:58:16

请问最后怎么解决真空问题呢？另外可以求一些用Berendsen压力耦合的文献吗？可以用它来发文章吗，谢谢

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[GROMACS] 用gromacs模拟己酸甲脂150摄氏度界面时nvt出现真空区怎么解决？

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