Gromacs建油水液液界面，跑NPT时区域分区出错：The is no domain decomposition fo...

张雅琴

老师您好，我用gromacs建立一个油水界面模型。首先，分别对油相盒子和水相盒子行了NPT 10ns的平衡，对平衡后的盒子（oilnpt6.gro和waternpt6.gro）进行拼接，得到一个油-水-油的界面.
oilnpt6.gro 的盒子大小xyz是：6.00000   6.00000   3.63172，waternpt6.gro 的盒子大小xyz是：6.00000   6.00000   6.41603 nm，拼接得到的all.gro 所加盒子大小是6 6 15.
下边对all.gro跑NPT，各个文件的mdp文件，log文件和提交脚本pbs可见附件：mixnpt6-1.log报错：
Initializing Domain Decomposition on 24 ranks
Dynamic load balancing: auto
Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition
Initial maximum inter charge-group distances:
    two-body bonded interactions: 3.633 nm, Exclusion, atoms 4081 4099
  multi-body bonded interactions: 3.633 nm, Angle, atoms 4081 4099
Minimum cell size due to bonded interactions: 3.997 nm
Maximum distance for 5 constraints, at 120 deg. angles, all-trans: 0.840 nm
Estimated maximum distance required for P-LINCS: 0.840 nm
Guess for relative PME load: 0.17
Will use 20 particle-particle and 4 PME only ranks
This is a guess, check the performance at the end of the log file
Using 4 separate PME ranks, as guessed by mdrun
Scaling the initial minimum size with 1/0.8 (option -dds) = 1.25
Optimizing the DD grid for 20 cells with a minimum initial size of 4.996 nm
The maximum allowed number of cells is: X 1 Y 1 Z 3

-------------------------------------------------------
Program gmx mdrun, VERSION 5.1.1
Source code file: /home/source/gromacs-5.1.1/src/gromacs/domdec/domdec.cpp, line: 6987

Fatal error:
There is no domain decomposition for 20 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 4.99591 nm
Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds
Look in the log file for details on the domain decomposition
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors


针对这个错误，我尝试了-dd手动分区，但在mixnpt6-2, mixnpt6-3中还是报错，自己看这些错误还是搞不明白这个分区该怎么分，还有minimum cell size为什么这么大，烦请各位老师指教，谢谢~~~

sobereva

尝试用最新的2018版gmx
之后还不行就用-ntmpi xx尝试使用不同的MPI进程数

图片请直接上传，别嵌入到word文档里，否则查看麻烦

Alexander5

请问你这个问题最后解决了吗？怎么解决的？我最近也出现一模一样的问题了

zhaoshu

Alexander5 发表于 2020-9-27 22:51
请问你这个问题最后解决了吗？怎么解决的？我最近也出现一模一样的问题了

请问这个问题 解决了吗？ 遇到一样的问题+1

Alexander5

zhaoshu 发表于 2020-10-21 16:01
请问这个问题 解决了吗？ 遇到一样的问题+1

没有尝试重新加墙，但问过什么同学之后，大概知道原因是什么了。应该是我第一步EM没加墙，之后再扩大盒子加墙，这样导致了有原子/分子被分裂开。

木林森

Alexander5 发表于 2020-10-23 21:02
没有尝试重新加墙，但问过什么同学之后，大概知道原因是什么了。应该是我第一步EM没加墙，之后再扩大盒子 ...

请问这个问题具体怎么解决呢，我也遇到了相同的

Alexander5

木林森 发表于 2021-1-4 11:16
请问这个问题具体怎么解决呢，我也遇到了相同的

既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在PBC=xyz的条件下进行能量最小化，然后再扩大盒子，两边留出一点空隙加墙跑接下来的NVT。这样的话，部分处于盒子边界的原子/分子就会因为盒子尺寸加大被分裂开。解决办法是，建好模型之后，在进行所有模拟过程之前就加上墙！个人经验，仅供参考。（顺便提一句，我也喜欢踢球）

木林森

Alexander5 发表于 2021-1-4 11:59
既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在 ...

感谢不吝赐教

进击的土豆

Alexander5 发表于 2021-1-4 11:59
既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在 ...

你好，请问加wall后，如何对加的墙进行可视化

诺瓦克

Alexander5 发表于 2021-1-4 11:59
既然你问了，那我再详细说一下吧。我分析了一下，我报错的可能的原因是：我建好模型、填充完水之后，先在 ...

同学可以加个好友，请教一下这个问题吗，我第一步就建了边界，但是跑EM的时候就出现了这个问题

一寸相思

同学请问问题解决了吗，我做的是液相纳米颗粒的体系，也遇到了这个问题。

一寸相思

诺瓦克 发表于 2021-11-11 14:13
同学可以加个好友，请教一下这个问题吗，我第一步就建了边界，但是跑EM的时候就出现了这个问题

同学请问问题解决了吗，我做的是液相纳米颗粒的体系，也遇到了这个问题。