请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 287|回复: 25

[辅助/分析程序] 关于用optDFTw程序生成的三个gjf文件计算存在的一些问题

[复制链接]

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

发表于 2018-6-5 21:14:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师你好,我参考http://sobereva.com/346这篇博文,计算w数值,生成的三个gjf文件,直接通入服务器中计算但未被识别。
想向老师求助,我的操作是否在哪里出现了些问题?
谢谢老师! lmy-N.gjf (12.18 KB, 下载次数: 4)

进行到调用Gaussian进行运算

进行到调用Gaussian进行运算

lmy-N 1.gjf

12.18 KB, 下载次数: 1

lmy-N-1.gjf

12.18 KB, 下载次数: 1

1066

帖子

0

威望

2912

eV
积分
3978

Level 5 (御坂)

发表于 2018-6-5 21:41:35 | 显示全部楼层
使用optDFTw程序前首先要编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板,存到当前目录下template.gjf

或者楼主是换了文件名称,改了f90里面:
open(10,file="template.gjf",status="old")

评分

参与人数 1eV +5 收起 理由
qianbao + 5 谢谢

查看全部评分

有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
31827

管理员

公社社长

发表于 2018-6-6 03:47:46 | 显示全部楼层
一个字一个字阅读optDFTw的帖子
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位。

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

198

帖子

0

威望

995

eV
积分
1193

Level 4 (黑子)

发表于 2018-6-6 08:10:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-6-6 08:13 编辑

保存一个template.gjf的模板,从open(10,file="template.gjf",status="old")可以看出这个文件是必须存在的。

其次,从open(11,file="N.gjf",status="replace")可以看出,最终生成的计算N电子体系的文件名应该为N.gjf。(其余N+1, N-1电子体系以此类推)。而你这生成的明显不是,难道是你自己手动改的?否则按理说不会生成你这样的输入文件。
低调做人,低调做事~

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 08:26:26 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2018-6-5 21:41
使用optDFTw程序前首先要编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板,存到当前目录下template. ...

我确实是手动改了N.gjf的文件名。
open(10,file="template.gjf",status="old")  请问 这一行是在哪看的呀?还是自己需要在哪里编写吗?

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 08:26:53 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-6 03:47
一个字一个字阅读optDFTw的帖子

好的老师

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 08:27:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 qianbao 于 2018-6-6 08:33 编辑
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 08:10
保存一个template.gjf的模板,从open(10,file="template.gjf",status="old")可以看出这个文件是必须存在的 ...

open(11,file="N.gjf",status="replace")老师您好,这一处我没有找到在哪里显示
目前,我是这样操作的,请您帮忙看一下呗,谢谢:
1.编辑一个Gaussian的长程校正泛函的单点任务文件作为模板,存到当前目录下template.gjf:
2.双击点开optDFTw,就会基于这个文件产生对应不同电子数的N.gjf、N-1.gjf、N+1.gjf:
3.直接将这三个自动生成的gjf文件通入到服务器中,等待输出out文件
您看,我这样是否正确呢?
谢谢!




微信截图_20180606083140.png
微信截图_20180606083213.png

template.gjf

12.15 KB, 下载次数: 1

198

帖子

0

威望

995

eV
积分
1193

Level 4 (黑子)

发表于 2018-6-6 08:49:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-6-6 08:52 编辑
qianbao 发表于 2018-6-6 08:27
open(11,file="N.gjf",status="replace")老师您好,这一处我没有找到在哪里显示
目前,我是这样操 ...

明显不对。
这一处在optDFTw.f90这个源代码中。

优化w是一个迭代的过程,是需要根据当前的w的数值,计算出三个单点,然后算得sob老师博文中的J或者J^2的数值,如果收敛了,就输出当前的w数值,如果没收敛,则会继续迭代下去,直到J或者J^2的变化在给定的误差范围内。

我一般是在Linux下计算,Windows下应该也差不多。隐约记得在源代码中有个参数是可以控制计算平台的。因为在不同的平台下,有些命令不同(比如删除在linux下是rm,而在Windows下是del)。  你需要准备template.gjf文件,然后和编译好的可执行文件optDFTw放在同一个目录下,然后直接运行optDFTw就行了。

如果你是在Linux下计算的话,先给optDFT可执行的权限(chmod +x optDFTw),然后把optDFTw和template.gjf放在同一个目录下,执行./optDFTw   如果你连脚本怎么执行都不清楚,那就需要去补点linux的基本知识了。

评分

参与人数 2eV +7 收起 理由
qianbao + 5 谢谢
sobereva + 2

查看全部评分

低调做人,低调做事~

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 14:37:33 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 08:49
明显不对。
这一处在optDFTw.f90这个源代码中。

您能再细指出是哪里开始错误的吗?我准备了template.gjf文件,和这个程序是在同一个文件夹下面的;然后双击点开optDFTw.exe,它弹出一下就自动关掉了,同时生成3个gjf,用Gaussian09计算得到三个out文件。
write(*,*) "Running: g09 < N.gjf > N.out"
        call system("g09 < N.gjf > N.out")
        write(*,*) "Running: g09 < N-1.gjf > N-1.out"
        call system("g09 < N-1.gjf > N-1.out")
        write(*,*) "Running: g09 < N+1.gjf > N+1.out"
        call system("g09 < N+1.gjf > N+1.out")

198

帖子

0

威望

995

eV
积分
1193

Level 4 (黑子)

发表于 2018-6-6 14:46:59 | 显示全部楼层
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-6-6 14:48 编辑
qianbao 发表于 2018-6-6 14:37
您能再细指出是哪里开始错误的吗?我准备了template.gjf文件,和这个程序是在同一个文件夹下面的;然后双 ...

如果你在windows下计算,看看环境变量是否包含有Gaussian? 如果没有包含g09,那么在call system("g09 < N.gjf > N.out")这里明显是不能够计算的。所以瞬间完成三个分子的计算,然后程序体系找不到某些值,然后自动关掉。 难道你没发现,你给出的这段代码前面还有个if的判断吗?这明显是linux下的计算方式,windows下显然不是这样。    这个程序不是仅仅生成输入文件,然后让你自己去计算,而是会自动调用Gaussian来进行计算(就如你给出的代码call system这句话)。至于如何设置环境变量,网上一搜一大堆方法。
低调做人,低调做事~

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 15:41:48 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 14:46
如果你在windows下计算,看看环境变量是否包含有Gaussian? 如果没有包含g09,那么在call system("g09 <  ...

老师您好,在您的耐心指导下,我终于有了一点点进展,非常感谢!添加环境变量后,倒是没有立即 退出。然而,走到这,又出现错误了。isys=1 !=1: Windows  =2: Linux关于程序的设置是在这里吧,无论isys=1还是2,都是一样的结果。
微信截图_20180606153032.png
微信截图_20180606154013.png

198

帖子

0

威望

995

eV
积分
1193

Level 4 (黑子)

发表于 2018-6-6 16:00:41 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-6-6 15:41
老师您好,在您的耐心指导下,我终于有了一点点进展,非常感谢!添加环境变量后,倒是没有立即 退出。然 ...

把计算的out文件截图。
低调做人,低调做事~

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 16:04:59 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 16:00
把计算的out文件截图。

谢谢您!太谢谢了!
微信截图_20180606160331.png
微信截图_20180606160344.png
微信截图_20180606160355.png

N-1.out

3.71 KB, 下载次数: 2

198

帖子

0

威望

995

eV
积分
1193

Level 4 (黑子)

发表于 2018-6-6 16:59:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 让你变成回忆 于 2018-6-6 17:05 编辑
qianbao 发表于 2018-6-6 16:04
谢谢您!太谢谢了!

我不清楚你那儿出现这个问题是什么,你提供的com文件(发帖的时候提供的)在我这边是能够正常计算的,我用的版本是g16。这个问题就等sob老师来回答了。
低调做人,低调做事~

90

帖子

0

威望

151

eV
积分
241

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-6-6 18:39:00 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-6-6 16:59
我不清楚你那儿出现这个问题是什么,你提供的com文件(发帖的时候提供的)在我这边是能够正常计算的,我 ...

那再追问您一下,这个输出文件的内容(w的数值)是在这个optDFTw的程序中看到的吧,然而我现在出错了,对吗?
谢谢!
微信截图_20180606153032.png
微信截图_20180606183652.png
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-6-25 10:48 , Processed in 0.516674 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表