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[GROMACS] gromacs怎么用部分原子表示整个分子,求溶剂取向?

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发表于 2018-6-10 19:49:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问大家,在使用gmx sorient 求溶剂取向时,这么计算,有没有问题。
       我计算丙醇和溶质的取向,使用丙三醇的三个C原子代表整个分子,并已三个C原子的平面的法向量与溶质的夹脚theta2表示溶剂的取向可以吗?
代码如下
gmx select -f .gro -s .tpr -n .ndx -on other.ndx
resname MOL and name c1 or name c2 or name c3
gmx sorient -f -s -n other.ndx -no sori-theat2.xvg


我存在疑问是因为从图(用肉眼)看感觉cos theta = 1(大多数),但是算出来cos theta = 0

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