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[Multiwfn使用咨询] 用VMD分析表面穿透距离但是不能同时打开多个文件怎么处理

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发表于 2018-6-12 10:24:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
在Sob老师的博文:使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布,里头写到1.  “启动VMD,然后把furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb按顺序依次拖动到VMD主窗口里(VMD Main),它们的ID将分别是0、1、2。”
这一步,我把furan.pdb拖入窗口后,再拖李二哥,结果VMD就死机了,试了很多次都不行,请问这是什么原因?,怎么解决呢?谢谢

2. 博文里还写道可以分析两个分子表面的穿透距离,“将Multiwfn和VMD相结合,充分开动脑筋,还可以做很多有趣、有用的分析。例如,对水的二聚体中两个水分别做定量分子表面分析,将得到的两套表面顶点都放到VMD里同时显示出来,就可以看到如下图像”
我已经处理得到了两个分子的vtx.pdb文件,这俩就是表面顶点文件吧,也是同样的问题,拖第二个或者俩一起拖就会死机,VMD就卡死了。

还请老师指点下,这个文件对吗,怎么分析穿透距离,怎么解决这个问题
谢谢!


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发表于 2018-6-12 15:05:36 | 显示全部楼层
1 “李二哥”意义不明

2 尝试用File-New molecule方式载入。如果还不行,换个版本,或者换个机子试试。我从没遇到过此时死机
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发表于 2018-6-12 17:11:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-12 15:05
1 “李二哥”意义不明

2 尝试用File-New molecule方式载入。如果还不行,换个版本,或者换个机子试试。 ...


1 “李二哥”意义不明。他的意思应该是“第二个”的意思吧。
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

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 楼主| 发表于 2018-6-12 17:39:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-12 15:05
1 “李二哥”意义不明

2 尝试用File-New molecule方式载入。如果还不行,换个版本,或者换个机子试试。 ...

是第二个,不好意思打错字了,谢谢老师!

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发表于 2018-6-13 14:11:01 | 显示全部楼层
可能是pdb文件的存盘路径太长了,你试一下把pdb文件放到桌面上再拖到VMD窗口行不行。

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 楼主| 发表于 2018-6-16 10:58:58 | 显示全部楼层
终_焉 发表于 2018-6-13 14:11
可能是pdb文件的存盘路径太长了,你试一下把pdb文件放到桌面上再拖到VMD窗口行不行。

好的,谢谢!我再试试看
之前试了下Sob老师的办法,可以了~
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