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[GROMACS] 氯仿参数问题

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发表于 2018-6-12 11:04:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位大神大家好,我用gromacs的charmm27力场,想用氯仿做溶剂,但是不知道氯仿是什么参数,不知道氯和碳分别采用什么类型,求指导

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发表于 2018-6-12 14:28:40 | 显示全部楼层
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
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 楼主| 发表于 2018-6-12 19:47:37 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-12 14:28
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

谢谢老师的回答,我之前试过CGenFF力场,但是不能产生氯仿的参数,SwissParam可以产生,但是我用的gromacs的charmm27力场,所以不知道是否适用

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发表于 2018-6-13 05:42:31 | 显示全部楼层
向日葵天涯 发表于 2018-6-12 19:47
谢谢老师的回答,我之前试过CGenFF力场,但是不能产生氯仿的参数,SwissParam可以产生,但是我用的gromac ...


CGenFF是普适性很高的力场,不可能氯仿都描述不了
若真是CGenFF都描述不了的小分子,专用于生物体系的charmm更描述不了
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 楼主| 发表于 2018-6-13 11:06:17 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-13 05:42
CGenFF是普适性很高的力场,不可能氯仿都描述不了
若真是CGenFF都描述不了的小分子,专用于生物体系的 ...

好的,谢谢老师耐心解答,我l用CGenFF力场l上传氯仿mol2文件之后,没有生成输出文件。报错提示,haloform not supported

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发表于 2018-6-13 12:53:06 | 显示全部楼层
用别的程序产生拓扑文件,用别的力场
没必要非用charmm不可
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 楼主| 发表于 2018-6-13 20:53:03 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-13 12:53
用别的程序产生拓扑文件,用别的力场
没必要非用charmm不可

嗯嗯,谢谢老师
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