计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12208|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 氯仿参数问题

[复制链接 Copy URL]

21

帖子

0

威望

63

eV
积分
84

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位大神大家好,我用gromacs的charmm27力场,想用氯仿做溶剂,但是不知道氯仿是什么参数,不知道氯和碳分别采用什么类型,求指导

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124703

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-6-12 14:28:40 | 只看该作者 Only view this author
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

63

eV
积分
84

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-12 19:47:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-12 14:28
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

谢谢老师的回答,我之前试过CGenFF力场,但是不能产生氯仿的参数,SwissParam可以产生,但是我用的gromacs的charmm27力场,所以不知道是否适用

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124703

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2018-6-13 05:42:31 | 只看该作者 Only view this author
向日葵天涯 发表于 2018-6-12 19:47
谢谢老师的回答,我之前试过CGenFF力场,但是不能产生氯仿的参数,SwissParam可以产生,但是我用的gromac ...


CGenFF是普适性很高的力场,不可能氯仿都描述不了
若真是CGenFF都描述不了的小分子,专用于生物体系的charmm更描述不了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

63

eV
积分
84

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-13 11:06:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-13 05:42
CGenFF是普适性很高的力场,不可能氯仿都描述不了
若真是CGenFF都描述不了的小分子,专用于生物体系的 ...

好的,谢谢老师耐心解答,我l用CGenFF力场l上传氯仿mol2文件之后,没有生成输出文件。报错提示,haloform not supported

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124703

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2018-6-13 12:53:06 | 只看该作者 Only view this author
用别的程序产生拓扑文件,用别的力场
没必要非用charmm不可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

63

eV
积分
84

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-13 20:53:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-13 12:53
用别的程序产生拓扑文件,用别的力场
没必要非用charmm不可

嗯嗯,谢谢老师

170

帖子

0

威望

764

eV
积分
934

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2023-7-17 11:05:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-12 14:28
用CGenFF力场
怎么产生相应的拓扑文件看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具

sob老师,您好,请问GAFF力场适用氯仿力场文件的产生吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124703

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2023-7-17 11:18:21 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2023-7-17 11:05
sob老师,您好,请问GAFF力场适用氯仿力场文件的产生吗?

极其适合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

170

帖子

0

威望

764

eV
积分
934

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2023-7-18 08:52:04 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 17:45 , Processed in 0.227579 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list