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[Amber] Amber最小化能量出错

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发表于 2018-6-13 10:40:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 superrice 于 2018-6-13 11:12 编辑

Amber新手做分子动力学,用的GAFF立场,拟合RESP电荷,然后packmol构建的盒子。
先最小化能量,提交马上就出错,请问是什么原因?如果还需要提供什么文件,请告知,非常感谢。

盒子里我只加了一个溶质,然后其他都是溶剂,不知道是不是这个原因,提示信息有:
***** System must be very inhomogeneous.


最后一步输出信息:

   NSTEP       ENERGY          RMS            GMAX         NAME    NUMBER
     80       1.1405E+12     4.5694E+11     3.3176E+13     N2       1991

BOND    = 19190913.4962  ANGLE   =   162429.9954  DIHED      =    18311.3546
VDWAALS = *************  EEL     =     1148.2117  HBOND      =        0.0000
1-4 VDW =    89637.9629  1-4 EEL =     -625.7281  RESTRAINT  =        0.0000


输入文件:
Minimize
&cntrl
  imin=1,
  ntx=1,
  maxcyc=10000,
  ntpr=10,
  ntwx=100,
  cut=10.0
/



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发表于 2018-6-13 19:10:14 | 显示全部楼层
可能性很多,较大可能是初始结构原因
建议先用同样的设定跑跑纯溶剂、纯溶质盒子看能否正常运行
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 楼主| 发表于 2018-6-13 19:46:09 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-13 19:10
可能性很多,较大可能是初始结构原因
建议先用同样的设定跑跑纯溶剂、纯溶质盒子看能否正常运行

非常感谢回复。我试了一下纯溶剂和纯溶质,好像都不行,请问是什么原因呢?跟拟合电荷有关么?

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发表于 2018-6-14 02:47:47 | 显示全部楼层
打开最后一步的结构,看一下1991号N2原子有什么问题

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发表于 2018-6-14 06:13:36 | 显示全部楼层
superrice 发表于 2018-6-13 19:46
非常感谢回复。我试了一下纯溶剂和纯溶质,好像都不行,请问是什么原因呢?跟拟合电荷有关么?


可能性很多,力场参数有问题,原子电荷有问题等等都可能,这只能耐心慢慢排查、反复尝试找原因
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 楼主| 发表于 2018-6-14 09:17:45 | 显示全部楼层
agent99 发表于 2018-6-14 02:47
打开最后一步的结构,看一下1991号N2原子有什么问题

感谢回复,我去看下。

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 楼主| 发表于 2018-6-14 09:18:00 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-14 06:13
可能性很多,力场参数有问题,原子电荷有问题等等都可能,这只能耐心慢慢排查、反复尝试找原因

谢谢老师指导,我仔细去看下
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