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[VASP] 动力学中怎么定量描述成键/断键?

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发表于 2018-6-17 18:00:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
对于涉及成键/断键的化学反应,在用从头算分子动力学模拟时,怎么定量刻画成键/断键呢?

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发表于 2018-6-17 18:53:33 | 显示全部楼层
一方面可以绘制动画,比如绘制ELF等值面图、临界点随模拟过程的变化动画,参考下文(虽然multiwfn目前不支持VASP,但有其它程序暂时可以用)
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

另外就是把轨迹弄到VMD里显示,用dynamic bonds方式绘制,这样原子间距离小于一定阈值就会显示成键。
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 楼主| 发表于 2018-6-20 16:25:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-17 18:53
一方面可以绘制动画,比如绘制ELF等值面图、临界点随模拟过程的变化动画,参考下文(虽然multiwfn目前不支 ...

请问老师,哪些从头算分子动力学程序的输出结果支持multiwfn的布局分析?怎么绘制动力学得到的轨迹中bond overlap population和Mayer键级随时间的变化?

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发表于 2018-6-20 17:15:03 | 显示全部楼层
清微 发表于 2018-6-20 16:25
请问老师,哪些从头算分子动力学程序的输出结果支持multiwfn的布局分析?怎么绘制动力学得到的轨迹中bond ...


不是布居分析,布居分析只是波函数分析当中的一种,当前问题也牵扯不到布居分析,考察bond overlap population(相当于Mulliken键级)对这个问题没什么意义

只要考察的不是周期性体系,每隔一段期间,导出结构用Gaussian等量化程序算个单点得到Multiwfn可以认的含有波函数信息的文件,然后分析、导出图像并合并成动画就完了

根据以下博文举一反三,某些脚本得根据实际情况自己写
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86

Gaussian自己也可以做从头算动力学,很适合孤立体系。可以恰当利用以下工具实现你的目的
产生Gaussian09 IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具
http://sobereva.com/199
如果是周期性体系,Gaussian做AIMD没法用。

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 楼主| 发表于 2018-6-21 17:22:35 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-20 17:15
不是布居分析,布居分析只是波函数分析当中的一种,当前问题也牵扯不到布居分析,考察bond overlap pop ...

那对于周期性体系,有什么好的建议呢?
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