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[Gaussian/gview] Gaussian优化计算CPU如何选择?

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发表于 2018-6-18 22:53:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
做分子的Gaussian优化计算(MP2、6-311+G*),做了一个小的测试(one node):
%nproc=40   %mem=380000MB (每个核内存)  时间:13mins
%nopoc=20   内存同上                                                         时间:12mins
%nopoc=10   内存同上                                                         时间:12mins
为什么增大核数并没有提高计算效率?或者说如何测试找出最优CPU?谢谢

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发表于 2018-6-19 00:08:43 | 显示全部楼层
若无特殊情况,只跑一个任务时,有多少物理核心nproc就设多少
是nproc不是nopoc
注意看清楚你取的是wall clock time还是CPU time,看后者没意义
%mem根本不是设每个核用的内存上限。%mem是所有核共享的量
你机子当真有380GB物理内存?
绝大多数情况下,用MP2优化是糟糕透顶的选择,又贵又烂,因此这测试本身也根本没意义
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 楼主| 发表于 2018-7-11 17:11:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-19 00:08
若无特殊情况,只跑一个任务时,有多少物理核心nproc就设多少
是nproc不是nopoc
注意看清楚你取的是wall  ...

对,是nproc
我取的是elapsed time,不是cpu time
因为是单节点运算,每个节点40个核,每个核9500MB,所以上述有误,不是每个核内存,是共享内存
用MP2是计算需要,因其耗时,所以需要测试用多少CPU可使elapsed time最优?
(因为做的是小片段批量计算)

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发表于 2018-7-12 05:49:14 | 显示全部楼层
lp2014 发表于 2018-7-11 17:11
对,是nproc
我取的是elapsed time,不是cpu time
因为是单节点运算,每个节点40个核,每个核9500MB, ...


只有一个任务时,有多少物理核心给多少物理核心,这样最快
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