晶面吸附动力学模拟后晶面上方水分子为什么分层了

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-30 16:42:50

hgkjqx 发表于 2018-6-30 15:20
老师做NPT的话不允许固定基底分子，可是我做晶面吸附基底分子应该是固定的，因为与上层吸附溶液相比，其 ...

力场合适的话，本身底部原子不固定也不会结构发生显著变形
你不先用NPT也无所谓，初始结构别太离谱就行，直接跑NVT就可以

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-30 17:05:23

sobereva 发表于 2018-6-30 16:42
力场合适的话，本身底部原子不固定也不会结构发生显著变形
你不先用NPT也无所谓，初始结构别太离谱就 ...

老师，NPT计算过程中的密度是指什么密度？是整个晶面加上层吸附质的密度吗？体积是包含真空层后整个盒子的体积吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-30 17:23:55

hgkjqx 发表于 2018-6-30 17:05
老师，NPT计算过程中的密度是指什么密度？是整个晶面加上层吸附质的密度吗？体积是包含真空层后整个盒子 ...

假设你的分子晶体是直接取的晶体结构，那么分子晶体这块密度没问题。但加水有不同程序可以加，有的程序某些设定下可能加得松松散散，和实际情况不符。不过对于当前问题，直接NVT也没问题，毕竟MD刚一开始跑，水之间的相互作用会自发使晶面表层的水和实际一致。但有的模拟体系需要先NPT跑一下

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-7-1 07:27:32

sobereva 发表于 2018-6-30 17:23
假设你的分子晶体是直接取的晶体结构，那么分子晶体这块密度没问题。但加水有不同程序可以加，有的程序某 ...

sob老师，我建完晶面与水盒子加在一起，加真空层，298K，0.0001GPa的压力跑NPT后真空层没有消失，只有个别水分子飘向真空层，大部分都在晶面上，您在之前帖子里不是说NPT后水分子会自动填充真空，真空层会消失吗？难道真空层加的太多了？

wugaxp · 发表于 Post on 2018-7-13 20:16:19

hgkjqx 发表于 2018-7-1 07:27
sob老师，我建完晶面与水盒子加在一起，加真空层，298K，0.0001GPa的压力跑NPT后真空层没有消失，只有个 ...

你应该考虑一下这里的物理过程。实际上你做的是把水放在两层无穷大平板之间。加温超过100 deg C (373K@1atm)之后，水自然就变成气态，填充了整个真空区（因为气态的密度是液态的1/1000），等你冷却回沸点之下，水蒸气会凝聚回液态水。如果平板的亲水性足够强，而且上下两个平面是对称的，理想状态下，两块平板（也就是你的平板的两个表面）会凝聚差不多的水量。
低于沸点的时候，水分子也能脱离液态区。实际上低于沸点的时候，水也有蒸气压。用理想气体公式其实可以推出飘逸的量。

根据你要模拟的性质，你可以选择合适的模型，还有模拟的温度的选取。
sob大博士的方案对一般的情况都是适用的。

wugaxp · 发表于 Post on 2018-7-13 20:29:00

hgkjqx 发表于 2018-7-1 07:27
sob老师，我建完晶面与水盒子加在一起，加真空层，298K，0.0001GPa的压力跑NPT后真空层没有消失，只有个 ...

其实这是说你的体系的真空层太大了，上下表面已经没了互作用，而你用的压强又很小，在模拟时间内根本无法消除真空层。
一种解决方法是你做NPT的时候先加一个比较大的压强，然后再做1atm的NPT。实际上水基本上可以认为是不可压缩液体，所以变化不会很大。
而且你要做NPT的话，别取那么大真空层啊~~~浪费计算资源

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-1 15:33:11

这种情况只用xy方向pbc可以吗？但水分子应该还是会逸出吧？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-2 11:15:09

tjuptz 发表于 2019-7-1 15:33
这种情况只用xy方向pbc可以吗？但水分子应该还是会逸出吧？

温度很低还行，否则有些逸出的水会越跑越远

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