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[Material Studio] 晶面吸附动力学模拟后晶面上方水分子为什么分层了

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发表于 2018-6-28 14:27:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
]2G`7KM{O`]~FTKA%)O~3[1.png AS}R17JVT7$UD}5~E[0A}JT.png 如图所示:先构建水和药剂的盒子,切晶面建超晶胞,然后把水盒子加到晶面上,为防止周期性导致水与上层晶面作用,加了100埃的真空层。几何优化,20000步退火,NVT跑动力学,跑完后一部分水吸附在晶面上,另一部分飘到真空层上方了,什么原因啊?

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发表于 2018-6-28 15:12:52 | 显示全部楼层
温度变化怎么设的?模拟过程中水一点一点自发跑到上头去了?

如果温度不是很低,水肯定会慢慢自发逸出,有些吸到晶体下侧(图中盒子的顶端)是正常情况
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 楼主| 发表于 2018-6-28 15:17:43 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-28 15:12
温度变化怎么设的?模拟过程中水一点一点自发跑到上头去了?

退火时设置温度300K,Mid-cycle temperature-500K.
动力学模拟就是298K,模拟过程中从第二帧开始就有水分子往上飘了

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发表于 2018-6-28 15:31:05 | 显示全部楼层
完全没必要做退火
温度从0K缓慢上升到298K,然后一直维持298就完了
常温下水逸出是免不了的,本身就是正常现象
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 楼主| 发表于 2018-6-28 15:41:29 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-28 15:31
完全没必要做退火
温度从0K缓慢上升到298K,然后一直维持298就完了
常温下水逸出是免不了的,本身就是正 ...

谢谢老师。
不是说退火有利于找到能量最低构型,防止陷入局部势阱吗?
您的意思是几何优化完直接298K做NVT动力学模拟即可?
水分子跑上去是正常的?只分析晶面上的就可以吗?

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 楼主| 发表于 2018-6-28 17:55:02 | 显示全部楼层
100埃的真空层还不能避免水分子被上方晶面吸引吗?

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发表于 2018-6-29 00:09:06 | 显示全部楼层
hgkjqx 发表于 2018-6-28 17:55
100埃的真空层还不能避免水分子被上方晶面吸引吗?


不是被上方吸引,而是水由于热运动,自发逸出,不断往远处飞,直到飞到上方的板
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发表于 2018-6-29 00:09:49 | 显示全部楼层
hgkjqx 发表于 2018-6-28 15:41
谢谢老师。
不是说退火有利于找到能量最低构型,防止陷入局部势阱吗?
您的意思是几何优化完直接298K做 ...


你这种体系根本不牵扯构型搜索问题
是的
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 楼主| 发表于 2018-6-29 08:18:30 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-29 00:09
你这种体系根本不牵扯构型搜索问题
是的

谢谢老师。我是参考一篇论文做的,那请问什么样的体系才需要退火呢?

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发表于 2018-6-29 15:00:22 | 显示全部楼层
也有可能是显示的问题,你在Display style里调节试试
越努力越幸运!

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发表于 2018-6-29 15:24:17 | 显示全部楼层
hgkjqx 发表于 2018-6-29 08:18
谢谢老师。我是参考一篇论文做的,那请问什么样的体系才需要退火呢?


诸如要找一个大分子最优构象,找一个小分子团簇的最优构型等等
这些构象、构型之间往往有较大势垒,常温下MD不容易越过去,这时候才借助退火,在高温期间给予足够动能帮助越过去,从而在降低温度后有可能陷入能量最小点对应的势阱中
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 楼主| 发表于 2018-6-29 16:18:37 | 显示全部楼层
xylz6188 发表于 2018-6-29 15:00
也有可能是显示的问题,你在Display style里调节试试

几种显示方式都调了,都是显示分层的,按Sob老师的说法就是正常现象了

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 楼主| 发表于 2018-6-29 17:39:10 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-29 15:24
诸如要找一个大分子最优构象,找一个小分子团簇的最优构型等等
这些构象、构型之间往往有较大势垒,常 ...

Sob老师您在“请问:模拟界面时,增大盒子跑nvt时,盒子中间是空的,是什么问题,该怎么解决”帖子里说如果液气界面模拟要在分子填满的盒子里跑NPT,再加大盒子跑NVT,那我这种固液界面是不是不能这么做,如果水分子填满了盒子就无法消除水分子与上层晶面的作用了吧?

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发表于 2018-6-29 18:08:32 | 显示全部楼层
hgkjqx 发表于 2018-6-29 17:39
Sob老师您在“请问:模拟界面时,增大盒子跑nvt时,盒子中间是空的,是什么问题,该怎么解决”帖子里说如 ...


先用NPT是为了让水+晶体的模拟体系达到一个合理的凝聚相状态(因为一开始建的往往不那么理想,比如密度偏低等),然后扩盒子产生真空区。你这体系这么做没有任何问题。
也可以一开始就把晶体板放在中心,在板的上下方加水,然后在上方和下方都扩真空区,这样模拟体系就是上下对称的,这样也很合适,而且模拟过程始终都是比较平衡的过程,而不会出现水的分布的整体移动。
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 楼主| 发表于 2018-6-30 15:20:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-29 18:08
先用NPT是为了让水+晶体的模拟体系达到一个合理的凝聚相状态(因为一开始建的往往不那么理想,比如密度 ...

老师做NPT的话不允许固定基底分子,可是我做晶面吸附基底分子应该是固定的,因为与上层吸附溶液相比,其位置应该是固定的,那做NPT岂不是不能用?
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