晶面吸附动力学模拟后晶面上方水分子为什么分层了

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-28 14:27:24

如图所示：先构建水和药剂的盒子，切晶面建超晶胞，然后把水盒子加到晶面上，为防止周期性导致水与上层晶面作用，加了100埃的真空层。几何优化，20000步退火，NVT跑动力学，跑完后一部分水吸附在晶面上，另一部分飘到真空层上方了，什么原因啊？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-28 15:12:52

温度变化怎么设的？模拟过程中水一点一点自发跑到上头去了？

如果温度不是很低，水肯定会慢慢自发逸出，有些吸到晶体下侧（图中盒子的顶端）是正常情况

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-28 15:17:43

sobereva 发表于 2018-6-28 15:12
温度变化怎么设的？模拟过程中水一点一点自发跑到上头去了？

退火时设置温度300K，Mid-cycle temperature-500K.
动力学模拟就是298K，模拟过程中从第二帧开始就有水分子往上飘了

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-28 15:31:05

完全没必要做退火
温度从0K缓慢上升到298K，然后一直维持298就完了
常温下水逸出是免不了的，本身就是正常现象

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-28 15:41:29

sobereva 发表于 2018-6-28 15:31
完全没必要做退火
温度从0K缓慢上升到298K，然后一直维持298就完了
常温下水逸出是免不了的，本身就是正 ...

谢谢老师。
不是说退火有利于找到能量最低构型，防止陷入局部势阱吗？
您的意思是几何优化完直接298K做NVT动力学模拟即可？
水分子跑上去是正常的？只分析晶面上的就可以吗？

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-28 17:55:02

100埃的真空层还不能避免水分子被上方晶面吸引吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-29 00:09:06

hgkjqx 发表于 2018-6-28 17:55
100埃的真空层还不能避免水分子被上方晶面吸引吗？

不是被上方吸引，而是水由于热运动，自发逸出，不断往远处飞，直到飞到上方的板

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-29 00:09:49

hgkjqx 发表于 2018-6-28 15:41
谢谢老师。
不是说退火有利于找到能量最低构型，防止陷入局部势阱吗？
您的意思是几何优化完直接298K做 ...

你这种体系根本不牵扯构型搜索问题
是的

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-29 08:18:30

sobereva 发表于 2018-6-29 00:09
你这种体系根本不牵扯构型搜索问题
是的

谢谢老师。我是参考一篇论文做的，那请问什么样的体系才需要退火呢？

xylz6188 · 发表于 Post on 2018-6-29 15:00:22

也有可能是显示的问题，你在Display style里调节试试

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-29 15:24:17

hgkjqx 发表于 2018-6-29 08:18
谢谢老师。我是参考一篇论文做的，那请问什么样的体系才需要退火呢？

诸如要找一个大分子最优构象，找一个小分子团簇的最优构型等等
这些构象、构型之间往往有较大势垒，常温下MD不容易越过去，这时候才借助退火，在高温期间给予足够动能帮助越过去，从而在降低温度后有可能陷入能量最小点对应的势阱中

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-29 16:18:37

xylz6188 发表于 2018-6-29 15:00
也有可能是显示的问题，你在Display style里调节试试

几种显示方式都调了，都是显示分层的，按Sob老师的说法就是正常现象了

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-29 17:39:10

sobereva 发表于 2018-6-29 15:24
诸如要找一个大分子最优构象，找一个小分子团簇的最优构型等等
这些构象、构型之间往往有较大势垒，常 ...

Sob老师您在“请问：模拟界面时，增大盒子跑nvt时，盒子中间是空的，是什么问题，该怎么解决”帖子里说如果液气界面模拟要在分子填满的盒子里跑NPT，再加大盒子跑NVT，那我这种固液界面是不是不能这么做，如果水分子填满了盒子就无法消除水分子与上层晶面的作用了吧？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-29 18:08:32

hgkjqx 发表于 2018-6-29 17:39
Sob老师您在“请问：模拟界面时，增大盒子跑nvt时，盒子中间是空的，是什么问题，该怎么解决”帖子里说如 ...

先用NPT是为了让水+晶体的模拟体系达到一个合理的凝聚相状态（因为一开始建的往往不那么理想，比如密度偏低等），然后扩盒子产生真空区。你这体系这么做没有任何问题。
也可以一开始就把晶体板放在中心，在板的上下方加水，然后在上方和下方都扩真空区，这样模拟体系就是上下对称的，这样也很合适，而且模拟过程始终都是比较平衡的过程，而不会出现水的分布的整体移动。

hgkjqx · 发表于 Post on 2018-6-30 15:20:24

sobereva 发表于 2018-6-29 18:08
先用NPT是为了让水+晶体的模拟体系达到一个合理的凝聚相状态（因为一开始建的往往不那么理想，比如密度 ...

老师做NPT的话不允许固定基底分子，可是我做晶面吸附基底分子应该是固定的，因为与上层吸附溶液相比，其位置应该是固定的，那做NPT岂不是不能用？

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