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[xtb] XTB构象搜寻问题

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发表于 2018-7-2 11:39:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
分子有109个原子,xtbsiman.log给出了94个构象。

请问这94个中第一个就是XTB找出来的能量最低构象么?

另外xtbsiman.log中SCF done  后面数字是能量吧?单位是什么?


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发表于 2018-7-2 22:06:30 | 显示全部楼层
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了
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发表于 2019-3-13 14:34:03 | 显示全部楼层
楼主您好,能把XTB构象搜索的使用方法分享一下吗,我也想做,可是不知道怎么写输入文件以及怎么执行

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发表于 2019-3-13 15:02:04 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2019-3-13 14:34
楼主您好,能把XTB构象搜索的使用方法分享一下吗,我也想做,可是不知道怎么写输入文件以及怎么执行:handsh ...

最高效的做法是molclus与xtb联用,又简单效果又好,看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

xtb自己的退火方式也能实现构象搜索,但计算代价会高得多得多得多
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发表于 2019-3-13 15:14:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 Novice 于 2019-3-13 15:20 编辑
sobereva 发表于 2019-3-13 15:02
最高效的做法是molclus与xtb联用,又简单效果又好,看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
h ...

多谢社长回复,我经常做的是单分子的构象搜索,以前都是用Win下的GMMX进行的,感觉分子稍微大一点就太慢了。我看您教程里退火构象搜索用的是Amber,最近新装工作站,装软件弄得我心力憔悴,就不想再折腾了,所以想试试在工作站上用装好的XTB做退火,然后结合molclus做构象搜索

还有就是我在XTB邮件中看到Grimme写了新的 CREST (Conformer-Rotamer Ensemble    Sampling Tool),这个好用吗?

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发表于 2019-3-13 15:59:33 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2019-3-13 15:14
多谢社长回复,我经常做的是单分子的构象搜索,以前都是用Win下的GMMX进行的,感觉分子稍微大一点就太慢 ...

“XTB做退火,然后结合molclus做构象搜索”这种做法是毫无意义的,又麻烦又费时间
直接用molclus调用xtb就完了,简单至极,又快效果又好。别光看最初molclus那个帖子,一定要看gentor那个帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html),文中示例了调用MOPAC做PM7下的构象搜索,改成调用xtb就完了

GMMX那个东西根本没有存在价值,非常不灵活,局限性也很大,还卖得贼老贵

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发表于 2019-3-14 06:56:55 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2019-3-13 15:14
多谢社长回复,我经常做的是单分子的构象搜索,以前都是用Win下的GMMX进行的,感觉分子稍微大一点就太慢 ...

我在做一个大环分子的构象搜索时用过一次CREST。使用起来比较傻瓜化,还蛮方便的。但不幸的是,我使用之后与其他结果对比时才发现我的体系中要考虑大环分子与溶剂的氢键,因此只能放弃了xTB的CREST功能。

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发表于 2019-3-14 09:01:30 | 显示全部楼层
Daniel_Arndt 发表于 2019-3-14 06:56
我在做一个大环分子的构象搜索时用过一次CREST。使用起来比较傻瓜化,还蛮方便的。但不幸的是,我使用之 ...

我也就是最进刚下载的XTB,就是通过Sob社长写的帖子学习的,说实话我现在都明白XTB除了单点和优化以外怎么操作。。。CREST我连输入文件是怎么回事都没弄明白,能否分享一下经验

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2019-3-14 09:01
我也就是最进刚下载的XTB,就是通过Sob社长写的帖子学习的,说实话我现在都明白XTB除了单点和优化以外怎 ...

我当时使用的是他们开发的confscript,就是他们在ChemRxiv的文章中所说的MF-MD-GC。CREST我还没用过。反正他们的软件都有一个“-h”选项,而且文档写得挺长挺详细的。我当时是先看了一下他们的文章,再运行了一下“confscript -h”,看了一遍文档。有些论文中没有提到的东西,软件自带的文档都说了。你只要不怕烦,多看几遍文档,估计不会有什么问题。

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2019-3-14 09:01
我也就是最进刚下载的XTB,就是通过Sob社长写的帖子学习的,说实话我现在都明白XTB除了单点和优化以外怎 ...

抱歉,之前记混了。因为我confscript和CREST都安装了。

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
Daniel_Arndt 发表于 2019-3-15 04:14
抱歉,之前记混了。因为我confscript和CREST都安装了。

哦哦。好的,多谢
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