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[Gaussian/gview] gaussian09两步计算出现报错

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发表于 2018-7-4 22:34:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 xaomidaxue 于 2018-7-5 08:23 编辑

gaussian09的gjf文件设置为两步计算:第一步进行opt+freq,第二步进行UV吸收计算(具体见附件gjf文件)
%chk=B-DpaCh-15.chk
%mem=30GB
%nprocshared=24
# opt freq b3lyp/6-31g(d)

s0 opt

0 1


坐标

--link1--
%chk=B-DpaCh-15.chk
%mem=20GB
%nprocshared=28
#p td=(50-50,nstates=6) b3lyp/6-31g(d) geom=check guess=read

S1 T1 calculation

0 1


结果log文件出现如下错误如下:具体见附件log文件
Structure from the checkpoint file:  "/THFS/home/test7/scratch/Gau-2989.chk"
FileIO operation on non-existent file.

Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO


请教一下这是什么原因导致的,这是在超算中心出现的问题,自己的设备可以计算完成不会出现第二步的错误。(另外附上超算的脚本文件a.sh和g09_sub,a.sh执行运算时会调用g09_sub)
谢谢



a.sh

336 Bytes, 下载次数: 0

g09_sub

1.34 KB, 下载次数: 0

B-DpaCh-15.gjf

4.82 KB, 下载次数: 1

B-DpaCh-15-log.zip

662.95 KB, 下载次数: 1

log

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发表于 2018-7-5 04:07:31 | 显示全部楼层
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已经把你上传到的过大的未压缩的log删了
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发表于 2018-7-5 04:08:48 | 显示全部楼层
之前的chk已经没了,或者执行计算的不是同一台机子,找不到chk所致
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 楼主| 发表于 2018-7-5 08:23:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-5 04:07
已经把你上传到的过大的未压缩的log删了

好的,我已经压缩了log文件

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 楼主| 发表于 2018-7-5 08:25:21 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-5 04:08
之前的chk已经没了,或者执行计算的不是同一台机子,找不到chk所致

谢谢,但是自己的集群上就没有这种情况,同一个gjf文件应该是当2步都计算完毕成功后才会删除chk文件吧。是否是我的脚本文件出现问题?

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发表于 2018-7-5 08:30:56 | 显示全部楼层
只要定义了%chk而且没用nosave,就不会自动删
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发表于 2018-7-5 08:35:17 | 显示全部楼层
chk用绝对路径再试
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 楼主| 发表于 2018-7-5 11:41:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 xaomidaxue 于 2018-7-5 11:48 编辑
sobereva 发表于 2018-7-5 08:35
chk用绝对路径再试
我检查了scratch中是有Gau-2989.chk这个文件的
老师,您的意思是用绝对路径,是用生成的B-DpaCh-15.chk的路径还是中间生成文件Gau-2989.chk的路径?这两个路径不同是否是gaussian软件第二步运算的时候没有权限读取"/THFS/home/test7/scratch/Gau-2989.chk"中的Gau-2989.chk文件

谢谢

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发表于 2018-7-5 11:57:45 | 显示全部楼层
两处B-DpaCh-15.chk都写成绝对路径
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 楼主| 发表于 2018-7-5 12:36:08 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-5 11:57
两处B-DpaCh-15.chk都写成绝对路径

谢谢老师,按照您的方法已经解决,谢谢
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