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[Amber] 在用MMPBSA.py计算蛋白质和多肽的结合自由能报错:bad atom type: MN,如何解决

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发表于 2018-7-7 19:03:42 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 xuzr 于 2018-7-7 19:28 编辑

在用MMPBSA.py计算蛋白质和多肽的结合自由能,体系中含有3个锰离子,利用http://research.bmh.manchester.ac.uk/bryce/amber获得其参数,在amber的leap获得了top文件,在提交如下命令
$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa-py.in -o mmpbsa.dat -do decomp.dat -sp ../avb3-np1_wat.prmtop -cp ../avb3-np1.prmtop -rp ../avb3.prmtop -lp ../np1.prmtop -y ../avb3-np1-water-10ns-500frames.mdcrd >process.log后出现了如下报错:
bad atom type: MN
CalcError: /home/tim/amber12/bin/sander failed with prmtop ../avb3-np1.prmtop!
Exiting. All files have been retained.
多谢指教。

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发表于 2018-8-30 15:22:21 | 显示全部楼层
你去用谷歌检索一下你遇到的问题。关键词可以尝试:"amber MMPBSA bad atom type".这问题我记得当年在使用AMBER10的时候出现先过。应该是向两个文件中添加缺少原子的参数信息,然后重新编译安装AMBER。时间过的太久了,详情记不住了。

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 楼主| 发表于 2018-9-12 08:44:29 | 显示全部楼层
wangyanforward 发表于 2018-8-30 15:22
你去用谷歌检索一下你遇到的问题。关键词可以尝试:"amber MMPBSA bad atom type".这问题我记得当年在使用A ...

谢谢:
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