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[VMD] 使用VMD结合freeSASA计算分子的溶剂可及表面区域(SASA)

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发表于 2018-7-17 09:25:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ene 于 2018-7-17 09:29 编辑

前几天在群里看到有群友问怎么表征蛋白质二聚体的接触面积,正好赶上最近工作中也需要计算分子的SASA(溶剂可及表面区域),因此就写了两个VMD脚本,用来分析动力学轨迹中SASA的变化情况。
SASA的计算不算困难,Gromacs程序本身就支持通过轨迹直接计算SASA。而VMD也内置了直接计算SASA的命令,使用一些免费程序,例如freeSASA同样可以进行计算。由于个人没使用过gmx,因此今天只讨论如何使用VMD和 freeSASA计算溶剂可及表面区域。在VMD中,使用measure sasa 命令可以直接对指定原子的SASA进行计算,具体的命令从VMD手册中可以获得:

1.png

简单对轨迹中的frames进行循环,就可以把每一帧指定区域的SASA值输出到文件中。脚本如下:
       vmd_SASA.tcl (1 KB, 下载次数: 8)
1.png

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发表于 2018-7-17 09:55:53 | 显示全部楼层
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公社社长

发表于 2018-7-17 13:36:44 | 显示全部楼层
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例
无标题.png
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 楼主| 发表于 2018-7-28 13:54:36 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

原来如此,是我粗心大意了。谢谢老师

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发表于 2018-7-29 09:05:10 | 显示全部楼层
谢谢分享

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发表于 2018-8-1 19:26:24 | 显示全部楼层
ene 发表于 2018-7-28 13:54
原来如此,是我粗心大意了。谢谢老师

您好,我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件,以及轨迹文件放在一起,在VMD的tcl 输入却找不到,这该如何解决呢,谢谢
QQ截图20180801192322.png
QQ截图20180801192349.png

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 楼主| 发表于 2018-8-1 21:12:02 | 显示全部楼层
lijiayisjtu 发表于 2018-8-1 19:26
您好,我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件,以及轨迹文件放在一起,在VMD的tcl 输入却找不到,这该如何 ...

正常来说,不可能存在这种情况。不行的话,可以试试在脚本前面加上绝对路径
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