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[VMD] 使用VMD结合freeSASA计算分子的溶剂可及表面区域(SASA)

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发表于 Post on 2018-7-17 09:25:44 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ene 于 2020-10-30 22:00 编辑

前几天在群里看到有群友问怎么表征蛋白质二聚体的接触面积,正好赶上最近工作中也需要计算分子的SASA(溶剂可及表面区域),因此就写了两个VMD脚本,用来分析动力学轨迹中SASA的变化情况。
SASA的计算不算困难,Gromacs程序本身就支持通过轨迹直接计算SASA。而VMD也内置了直接计算SASA的命令,使用一些免费程序,例如freeSASA同样可以进行计算。由于个人没使用过gmx,因此今天只讨论如何使用VMD和 freeSASA计算溶剂可及表面区域。在VMD中,使用measure sasa 命令可以直接对指定原子的SASA进行计算,具体的命令从VMD手册中可以获得:

1.png

简单对轨迹中的frames进行循环,就可以把每一帧指定区域的SASA值输出到文件中。脚本如下:
       vmd_SASA.tcl (1 KB, 下载次数 Times of downloads: 127)
1.png

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发表于 Post on 2018-7-17 09:55:53 | 显示全部楼层 Show all
多谢

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发表于 Post on 2018-7-17 13:36:44 | 显示全部楼层 Show all
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例
无标题.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-28 13:54:36 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

原来如此,是我粗心大意了。谢谢老师
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发表于 Post on 2018-7-29 09:05:10 | 显示全部楼层 Show all
谢谢分享

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发表于 Post on 2018-8-1 19:26:24 | 显示全部楼层 Show all
ene 发表于 2018-7-28 13:54
原来如此,是我粗心大意了。谢谢老师

您好,我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件,以及轨迹文件放在一起,在VMD的tcl 输入却找不到,这该如何解决呢,谢谢
QQ截图20180801192322.png
QQ截图20180801192349.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-1 21:12:02 | 显示全部楼层 Show all
lijiayisjtu 发表于 2018-8-1 19:26
您好,我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件,以及轨迹文件放在一起,在VMD的tcl 输入却找不到,这该如何 ...

正常来说,不可能存在这种情况。不行的话,可以试试在脚本前面加上绝对路径
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发表于 Post on 2018-8-23 19:10:13 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

sob老师,这个vmd除了蛋白质的疏水和亲水的sasa,能计算其他的分子类型吗,为什么我用这种方法,算出来的疏水面积是0呢?还请sob老师指教一下,感激不尽!

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发表于 Post on 2018-8-24 17:10:24 | 显示全部楼层 Show all
zdwssg123 发表于 2018-8-23 19:10
sob老师,这个vmd除了蛋白质的疏水和亲水的sasa,能计算其他的分子类型吗,为什么我用这种方法,算出来的 ...

只对蛋白质能用。VMD对标准氨基酸划分成了疏水和非疏水,所以才能直接那么写。其它的分子,你得自行划定哪些原子/残基是疏水哪些是亲水,然后在-restrict后面用相应的选择语句选择
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-19 16:44:44 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

sob老师,我想利用-restrict,计算半胱氨酸残基中巯基—SH基团的溶剂可及性,怎么实现?

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发表于 Post on 2019-8-20 22:21:08 | 显示全部楼层 Show all
zlyuan 发表于 2019-8-19 16:44
sob老师,我想利用-restrict,计算半胱氨酸残基中巯基—SH基团的溶剂可及性,怎么实现?

-restrict后面加上基团的选择语句就完了
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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发表于 Post on 2022-6-6 16:29:10 | 显示全部楼层 Show all
请问老师,我计算按照vmd的tcl文件计算得到的结果均为0,这该怎么解决呢?

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发表于 Post on 2022-10-16 22:35:50 | 显示全部楼层 Show all
请问怎么用VMD计算蛋白质侧链中半径R以内(比如5埃)每一个原子的sasa呢?

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