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[VMD] 使用VMD结合freeSASA计算分子的溶剂可及表面区域(SASA)

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发表于 Post on 2018-7-17 09:25:44 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ene 于 2020-10-30 22:00 编辑

前几天在群里看到有群友问怎么表征蛋白质二聚体的接触面积,正好赶上最近工作中也需要计算分子的SASA(溶剂可及表面区域),因此就写了两个VMD脚本,用来分析动力学轨迹中SASA的变化情况。
SASA的计算不算困难,Gromacs程序本身就支持通过轨迹直接计算SASA。而VMD也内置了直接计算SASA的命令,使用一些免费程序,例如freeSASA同样可以进行计算。由于个人没使用过gmx,因此今天只讨论如何使用VMD和 freeSASA计算溶剂可及表面区域。在VMD中,使用measure sasa 命令可以直接对指定原子的SASA进行计算,具体的命令从VMD手册中可以获得:

1.png

简单对轨迹中的frames进行循环,就可以把每一帧指定区域的SASA值输出到文件中。脚本如下:
       vmd_SASA.tcl (1 KB, 下载次数 Times of downloads: 241)
1.png

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发表于 Post on 2018-7-17 09:55:53 | 显示全部楼层 Show all
多谢

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发表于 Post on 2018-7-17 13:36:44 | 显示全部楼层 Show all
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例
无标题.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-28 13:54:36 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

原来如此,是我粗心大意了。谢谢老师
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发表于 Post on 2018-7-29 09:05:10 | 显示全部楼层 Show all
谢谢分享

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发表于 Post on 2018-8-1 19:26:24 | 显示全部楼层 Show all
ene 发表于 2018-7-28 13:54
原来如此,是我粗心大意了。谢谢老师

您好,我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件,以及轨迹文件放在一起,在VMD的tcl 输入却找不到,这该如何解决呢,谢谢
QQ截图20180801192322.png
QQ截图20180801192349.png
Shanghai JiaoTong University
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-1 21:12:02 | 显示全部楼层 Show all
lijiayisjtu 发表于 2018-8-1 19:26
您好,我把freeSASA.tcl 脚本和 prmtop文件,以及轨迹文件放在一起,在VMD的tcl 输入却找不到,这该如何 ...

正常来说,不可能存在这种情况。不行的话,可以试试在脚本前面加上绝对路径
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发表于 Post on 2018-8-23 19:10:13 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

sob老师,这个vmd除了蛋白质的疏水和亲水的sasa,能计算其他的分子类型吗,为什么我用这种方法,算出来的疏水面积是0呢?还请sob老师指教一下,感激不尽!

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发表于 Post on 2018-8-24 17:10:24 | 显示全部楼层 Show all
zdwssg123 发表于 2018-8-23 19:10
sob老师,这个vmd除了蛋白质的疏水和亲水的sasa,能计算其他的分子类型吗,为什么我用这种方法,算出来的 ...

只对蛋白质能用。VMD对标准氨基酸划分成了疏水和非疏水,所以才能直接那么写。其它的分子,你得自行划定哪些原子/残基是疏水哪些是亲水,然后在-restrict后面用相应的选择语句选择
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发表于 Post on 2019-8-19 16:44:44 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2018-7-17 13:36
值得一提的是,利用-restrict,也可以计算出整个蛋白中某个链裸露在溶剂区的面积,例

sob老师,我想利用-restrict,计算半胱氨酸残基中巯基—SH基团的溶剂可及性,怎么实现?

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发表于 Post on 2019-8-20 22:21:08 | 显示全部楼层 Show all
zlyuan 发表于 2019-8-19 16:44
sob老师,我想利用-restrict,计算半胱氨酸残基中巯基—SH基团的溶剂可及性,怎么实现?

-restrict后面加上基团的选择语句就完了
参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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发表于 Post on 2022-6-6 16:29:10 | 显示全部楼层 Show all
请问老师,我计算按照vmd的tcl文件计算得到的结果均为0,这该怎么解决呢?

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发表于 Post on 2022-10-16 22:35:50 | 显示全部楼层 Show all
请问怎么用VMD计算蛋白质侧链中半径R以内(比如5埃)每一个原子的sasa呢?

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