如何从C60的cif导出晶胞坐标（cif中包含两种共振式）

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-7-22 11:15:40

从CCDC数据库中已经得到了C60的cif，但当我弄到MS中处理后，发现每个球都是120个原子（即两个C60分子）

这两个C60几乎完全重合在一起了，手工删除不现实，可行的办法是通过修改cif达到一个球只显示一个C60分子的目的，这个应该可以实现的，因为界面问题中常见模型是pentacene(001)/C60(001) interface和pentacene(01–1)/C60(001) interface

我把C60的晶体附上，看哪位大神有时间帮忙弄下？
当然如果把晶体解成两个更好，这样就可以讨论下共振式对性质的影响了（可能影响为0）

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-22 14:03:26

直接把cif拖进chem3D里，就只显示一个C60

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-7-23 10:17:45

sobereva 发表于 2018-7-22 14:03
直接把cif拖进chem3D里，就只显示一个C60

直接将cif拖到chem 3D中也显示的是两个C60分子，如图

另外，我的目的是想导出C60的最小晶胞坐标，经过程序进行三维扩展研究固相结构，不是为了得到单个C60分子

luoj17 · 发表于 Post on 2018-7-23 21:23:23

用molecule或者olex打开试试。

savorw · 发表于 Post on 2018-7-24 16:34:23

看CIF肯定要用Mercury来打开，它也是CCDC上可以直接下的软件，打开后就是单个C60，PACKing后才会是多个。单个另存为其它想要的格式就取出来了。

欣欣早日毕业 · 发表于 Post on 5 day ago

请问您最后怎么操作的呢？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 5 day ago

欣欣早日毕业发表于 2025-8-7 18:16
请问您最后怎么操作的呢？

如果只是需要一个C60晶胞的话，换成COD数据库可以找到没有晶体学无序（不是“共振式”）的结构9011580（刚好也在http://sobereva.com/690第8节的示例文件里），没必要费心思处理1楼那个.cif文件。

至于有没有什么晶体学无序结构的软件操作通法，我就不清楚了。

欣欣早日毕业 · 发表于 Post on 5 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-7 18:45
如果只是需要一个C60晶胞的话，换成COD数据库可以找到没有晶体学无序（不是“共振式”）的结构9011580（ ...

太感谢您了！！请问我按照您的提示下载的那个结构是C60的fcc结构是吗？我想确认一下~我只想要一个fcc C60分子晶体，所以想跟您确认一下~

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[建模与可视化] 如何从C60的cif导出晶胞坐标（cif中包含两种共振式）

浏览过的版块