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[其它量化程序] DIRAC17在centos7上的安装(intel15 and openmpi2.02)

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发表于 Post on 2018-7-25 21:39:52 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 ggdh 于 2018-7-25 23:01 编辑

DIRAC主要特色是相对论量化计算。
DIRAC官网:http://www.diracprogram.org
DIRAC17手册地址:http://www.diracprogram.org/doc/release-17/
DIRAC教学: PhD course - Introduction to Relativistic Quantum Chemistry
DIRAC手册写的还挺漂亮,reStructuredText确实不错。手册上的安装也写得比较详细,不过安装方法还是看这种流程式的步骤方便,同时参考手册。下面的命令可以直接复制,假设用户的初始位置是家目录下(/home/XXX),注意把命令中的XXX替换为你自己的用户名。

系统准备
------------
linux下安装软件,通常最重要也是最麻烦的步骤就是这一步。
1.安装intel compilers (官方推荐版本是13.0-15.0.,这里使用的版本是15)
2.安装openmpi (官方推荐的版本是OpenMPI 1.6.2-1.8.5,或者IntelMPI 4.1-5.0,这里使用的是OpenMPI 2.0.2)
3.安装anaconda python2.7
4.安装cmake(官方推荐版本是2.8.10-3.5),boost (官方推荐版本是1.54.0-1.60.0),这里直接使用yum安装
  1. sudo yum install boost cmake zlib boost-devel
复制代码

5. 下载pcmsolver(也可在正式安装过程中下载,不过有可能特别慢,因此可以先下载好)
  1. git clone https://github.com/PCMSolver/
复制代码

这里默认在目录'/home/XXX'下运行上述命令,因此下载完成后会产生一个'/home/XXX/pcmsolver'的文件夹


正式安装
------------
1,解压, 并进入解压后目录
  1. tar -zxvf DIRAC-17.0-Source.tar.gz
  2. cd DIRAC-17.0-Source
复制代码

2,设置编译器,选择安装目录
  1. ./setup --fc=mpif90 --cc=mpicc --cxx=mpicxx --mpi --mkl=sequential --prefix=/home/XXX/DIRAC17
  2. mkdir /home/XXX/DIRAC17
复制代码

3,修改src/pcm/CMakeList.txt文件,将其中的
'GIT_REPOSITORY  https://github.com/PCMSolver/'
替换成
'GIT_REPOSITORY /home/XXX/pcmsolver/' (之前没有单独下载pcmsolver, 可以跳过这一步,不过下一步可能因为要下载pcmsovler变得可能特别慢)
  1. sed -i 's;https://github.com/PCMSolver;/home/XXX/pcmsolver;' src/pcm/CMakeList.txt
复制代码

4, 进入第二步生成的build目录,开始编译,这里可以采用make -j n 采用多核并行编译。
  1. cd build
  2. make
复制代码

5,测试安装
  1. export DIRAC_TMPDIR=/tmp                #测试时的临时文件目录
  2. export DIRAC_MPI_COMMAND="mpirun -np 8"        #测试时的并行核数
  3. make test
复制代码

6,完成安装,写入环境变量
  1. make install
  2. echo 'export PATH=/home/XXX/DIRAC17/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
  3. source ~/.bashrc
复制代码

7,运行
  1. pam-dirac -h
复制代码
查看dirac的运行办法
新手可以进入本文开头给的DIRAC教学链接进一步学习。









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发表于 Post on 2018-7-26 09:27:08 | 显示全部楼层 Show all
请问老师,这个软件主要针对哪些具体的物理或化学问题比较有优势,能否举两个栗子,谢谢。

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发表于 Post on 2018-11-3 11:11:37 | 显示全部楼层 Show all
我在安装DIRAC17时出现如下错误,请问,这是什么原因,下面该如何操作呢?

[ticnn@ticnn DIRAC17]$ cd build
[ticnn@ticnn build]$ make
Scanning dependencies of target gen_fortran_interface_h
[  0%] Building C object CMakeFiles/gen_fortran_interface_h.dir/utils/gen_fortran_interface_h.c.o
[  0%] Linking C executable gen_fortran_interface_h
[  0%] Built target gen_fortran_interface_h
Scanning dependencies of target pcmsolver
[  0%] Creating directories for 'pcmsolver'
[  0%] Performing download step (git clone) for 'pcmsolver'
CMake Error at pcmsolver-stamp/pcmsolver-download-release.cmake:16 (message):
  Command failed: 1

   '/usr/local/bin/cmake' '-P' '/home/ticnn/wk/DIRAC17/build/external/pcmsolver/tmp/pcmsolver-gitclone.cmake'

  See also

    /home/ticnn/wk/DIRAC17/build/external/pcmsolver/src/pcmsolver-stamp/pcmsolver-download-*.log


make[2]: *** [external/pcmsolver/src/pcmsolver-stamp/pcmsolver-download] error 1
make[1]: *** [src/pcm/CMakeFiles/pcmsolver.dir/all] error 2
make: *** [all] error 2
[ticnn@ticnn build]$

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发表于 Post on 2018-11-3 19:57:35 | 显示全部楼层 Show all
kkwang 发表于 2018-11-3 11:11
我在安装DIRAC17时出现如下错误,请问,这是什么原因,下面该如何操作呢?

[ticnn@ticnn DIRAC17]$ cd b ...

确保你机子连着网
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息、避免错过网上最有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2019-12-19 12:04:59 | 显示全部楼层 Show all
请问我在安装DIRAC18的时候出现下面的提示,应该如何解决呢?谢谢
   This code is built using CMake

   CMake is not found
   get CMake at http://www.cmake.org/
   on many clusters CMake is installed
   but you have to load it first:
   $ module load cmake

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发表于 Post on 2019-12-19 18:43:37 | 显示全部楼层 Show all
yongzl 发表于 2019-12-19 12:04
请问我在安装DIRAC18的时候出现下面的提示,应该如何解决呢?谢谢
   This code is built using CMake

机子里没装cmake,装上就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-12-19 19:32:17 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2019-12-19 18:43
机子里没装cmake,装上就完了

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-10-8 20:24:56 | 显示全部楼层 Show all









[ 91%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_contr_cgto_nucpot.F90.o
[ 92%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_nucpot_hbra.F90.o
[ 93%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_contr_sgto_nucpot.F90.o
[ 94%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/value/test_prim_hgto_value.F90.o
[ 95%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/f90mod/test_f90mod_sgto_sphmom.F90.o
[ 95%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/gaupot/test_gaupot_geom.F90.o
[ 96%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/odist/test_prim_hgto_odist.F90.o
[ 97%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/test_gen1int.F90.o
[ 98%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/f90mod/test_f90mod_sgto_kinene.F90.o
[ 99%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/f90mod/test_f90mod_sgto_carmom.F90.o
[100%] Linking Fortran executable test_gen1int
[100%] Built target test_gen1int
[ 21%] Performing install step for 'gen1int'
[ 53%] Built target gen1int
[100%] Built target test_gen1int
Install the project...
-- Install configuration: "release"
-- Installing: /home/ticnn3/DIRAC-soft/DIRAC-soft/DIRAC-21.0-Source/build/external/lib/libgen1int.a
[ 21%] Completed 'gen1int'
[ 21%] Built target gen1int
[ 21%] Building Fortran object src/interest/CMakeFiles/interest.dir/src/module_interest_eri.f90.o
[ 21%] Building Fortran object src/interest/CMakeFiles/interest.dir/src/module_interest_one.f90.o
[ 21%] Built target interest
[ 21%] Built target amfi
make: *** [all] Error 2

请问一下老师,我所有依赖的包都装好了,但是编译时候出现了上面的报错,是什么问题呢

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MOKIT开发者

发表于 Post on 2021-10-8 20:29:33 | 显示全部楼层 Show all
TJCW 发表于 2021-10-8 20:24
[ 91%] Building Fortran object CMakeFiles/test_gen1int.dir/test_f90/nucpot/test_co ...

显示信息不够,报错还在上面
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2021-10-9 18:59:19 | 显示全部楼层 Show all
@zjxitcc 老师,报错信息在这里,请问一下,是什么原因呢
202110091857236442..png

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喵星人

发表于 Post on 2021-12-21 06:24:55 | 显示全部楼层 Show all
TJCW 发表于 2021-10-9 18:59
@zjxitcc 老师,报错信息在这里,请问一下,是什么原因呢

就是没下载到pcmsolver,按照上面教你的手动下好改一下CmakeaList就好了

这程序现在出道21版了,用oneapi全家桶可以便已成功并且测试全部通过(omp并行),但这玩意并行效率极其拉胯还有不少莫名其妙的bug,已知问题也有不少。

用icc编译的openmpi也可以编译成mpi版,但是由于有些功能不能mpi并行所以测试会有一些错误,而且mpi并行的效率也是极其拉胯,多数情况还不如单核

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发表于 Post on 2022-3-3 16:17:32 | 显示全部楼层 Show all
目前版本(22)我看除了pcmsolver还需要ExaTensor库,虽然是从gitlab下载不用考虑某科学问题,但是内网服务器还是会麻烦。解决办法是类似上面钟老师的提示,编辑cmake/custom/exatensor.cmake,把https://gitlab.com/DmitryLyakh/ExaTensor.git改成自己用这个下载并传到服务器上的这个git仓库的路径。
另外boost可以尝试自己编译,不过稍麻烦。
感谢钟老师的提醒,我对CMake不熟,找了半天才知道怎么可以不自动联网下载。

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