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[其它量化程序] DIRAC17在centos7上的安装(intel15 and openmpi2.02)

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Level 5 (御坂)

发表于 2018-7-25 21:39:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ggdh 于 2018-7-25 23:01 编辑

DIRAC主要特色是相对论量化计算。
DIRAC官网:http://www.diracprogram.org
DIRAC17手册地址:http://www.diracprogram.org/doc/release-17/
DIRAC教学: PhD course - Introduction to Relativistic Quantum Chemistry
DIRAC手册写的还挺漂亮,reStructuredText确实不错。手册上的安装也写得比较详细,不过安装方法还是看这种流程式的步骤方便,同时参考手册。下面的命令可以直接复制,假设用户的初始位置是家目录下(/home/XXX),注意把命令中的XXX替换为你自己的用户名。

系统准备
------------
linux下安装软件,通常最重要也是最麻烦的步骤就是这一步。
1.安装intel compilers (官方推荐版本是13.0-15.0.,这里使用的版本是15)
2.安装openmpi (官方推荐的版本是OpenMPI 1.6.2-1.8.5,或者IntelMPI 4.1-5.0,这里使用的是OpenMPI 2.0.2)
3.安装anaconda python2.7
4.安装cmake(官方推荐版本是2.8.10-3.5),boost (官方推荐版本是1.54.0-1.60.0),这里直接使用yum安装
  1. sudo yum install boost cmake zlib boost-devel
复制代码

5. 下载pcmsolver(也可在正式安装过程中下载,不过有可能特别慢,因此可以先下载好)
  1. git clone https://github.com/PCMSolver/
复制代码

这里默认在目录'/home/XXX'下运行上述命令,因此下载完成后会产生一个'/home/XXX/pcmsolver'的文件夹


正式安装
------------
1,解压, 并进入解压后目录
  1. tar -zxvf DIRAC-17.0-Source.tar.gz
  2. cd DIRAC-17.0-Source
复制代码

2,设置编译器,选择安装目录
  1. ./setup --fc=mpif90 --cc=mpicc --cxx=mpicxx --mpi --mkl=sequential --prefix=/home/XXX/DIRAC17
  2. mkdir /home/XXX/DIRAC17
复制代码

3,修改src/pcm/CMakeList.txt文件,将其中的
'GIT_REPOSITORY  https://github.com/PCMSolver/'
替换成
'GIT_REPOSITORY /home/XXX/pcmsolver/' (之前没有单独下载pcmsolver, 可以跳过这一步,不过下一步可能因为要下载pcmsovler变得可能特别慢)
  1. sed -i 's;https://github.com/PCMSolver;/home/XXX/pcmsolver;' src/pcm/CMakeList.txt
复制代码

4, 进入第二步生成的build目录,开始编译,这里可以采用make -j n 采用多核并行编译。
  1. cd build
  2. make
复制代码

5,测试安装
  1. export DIRAC_TMPDIR=/tmp                #测试时的临时文件目录
  2. export DIRAC_MPI_COMMAND="mpirun -np 8"        #测试时的并行核数
  3. make test
复制代码

6,完成安装,写入环境变量
  1. make install
  2. echo 'export PATH=/home/XXX/DIRAC17/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
  3. source ~/.bashrc
复制代码

7,运行
  1. pam-dirac -h
复制代码
查看dirac的运行办法
新手可以进入本文开头给的DIRAC教学链接进一步学习。









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发表于 2018-7-26 09:27:08 | 显示全部楼层
请问老师,这个软件主要针对哪些具体的物理或化学问题比较有优势,能否举两个栗子,谢谢。

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Level 2 能力者

发表于 2018-11-3 11:11:37 | 显示全部楼层
我在安装DIRAC17时出现如下错误,请问,这是什么原因,下面该如何操作呢?

[ticnn@ticnn DIRAC17]$ cd build
[ticnn@ticnn build]$ make
Scanning dependencies of target gen_fortran_interface_h
[  0%] Building C object CMakeFiles/gen_fortran_interface_h.dir/utils/gen_fortran_interface_h.c.o
[  0%] Linking C executable gen_fortran_interface_h
[  0%] Built target gen_fortran_interface_h
Scanning dependencies of target pcmsolver
[  0%] Creating directories for 'pcmsolver'
[  0%] Performing download step (git clone) for 'pcmsolver'
CMake Error at pcmsolver-stamp/pcmsolver-download-release.cmake:16 (message):
  Command failed: 1

   '/usr/local/bin/cmake' '-P' '/home/ticnn/wk/DIRAC17/build/external/pcmsolver/tmp/pcmsolver-gitclone.cmake'

  See also

    /home/ticnn/wk/DIRAC17/build/external/pcmsolver/src/pcmsolver-stamp/pcmsolver-download-*.log


make[2]: *** [external/pcmsolver/src/pcmsolver-stamp/pcmsolver-download] error 1
make[1]: *** [src/pcm/CMakeFiles/pcmsolver.dir/all] error 2
make: *** [all] error 2
[ticnn@ticnn build]$

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发表于 2018-11-3 19:57:35 | 显示全部楼层
kkwang 发表于 2018-11-3 11:11
我在安装DIRAC17时出现如下错误,请问,这是什么原因,下面该如何操作呢?

[ticnn@ticnn DIRAC17]$ cd b ...

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